無標記定量蛋白質方法：優勢與局限性

無標記定量蛋白質方法：優勢與局限性檢測技術服務詳情介紹

在現代生命科學研究中，dànbáizhì組學正從“定性識別”邁向“定量解析”的新階段。定量dànbáizhì組學可以揭示不同處理條件下蛋白表達水平的動態變化，幫助科研人員從功能層面深入理解生物過程。在眾多定量dànbáizhì組學方法中，無biāojìdìng量（Label-Free Quantification, LFQ）因其操作簡便、樣本適應性強等優勢，成為近年來應用增長zuì快的一類方法。

一、什么是無biāojìdìng量dànbáizhì方法？

無biāojìdìng量是不依賴同位素或化學標簽的質譜定量技術。研究者通過分析樣本中肽段的MS信號強度，實現對dànbáizhì豐度的相對比較。

目前，主流的LFQ策略主要包括：

• 峰面積積分（Intensity-based quantification）：基于MS1水平的離子強度積分，對肽段豐度進行jīngquè計算。

• 譜圖計數（Spectral Counting）：統計特定蛋白被識別的肽段在質譜數據中出現的頻次，推斷其相對豐度。

二、無biāojìdìng量的核心優勢

1、操作流程簡潔，無需標記步驟

LFQ的zuì大特點是“標簽自由”。實驗流程與標準蛋白組學流程一致，樣本經過酶解后即可直接上機分析，無需進行同位素標記或標簽混合。這種策略極大降低了實驗門檻，尤其適用于難以標記的樣本類型。此外，省略標記步驟還能減少技術誤差積累，提升整體實驗的可重復性和操作效率。

2、樣本類型與數量靈活

LFQ不受多重標簽數量的限制，可以輕松處理幾十甚至上百個樣本。這使得LFQ特別適用于多時間點或多處理組的實驗設計以及隊列規模較大的臨床樣本分析。

3、成本相對低廉，適合大規模研究

由于省去了昂貴的標記試劑和繁瑣的標簽混合流程，LFQ在成本控制方面具有顯著優勢。對于預算有限但樣本數量大的科研項目，LFQ提供了一種性價比較高的解決方案，有助于推動大樣本dànbáizhì組學的普及應用。

4、支持高通量與自動化

LFQ配合現代高分辨率質譜儀（如Orbitrap、Q-TOF）和自動化平臺（如自動上樣器、液相色譜系統），可實現高通量數據采集和分析。同時，配套的軟件工具（如MaxQuant、DIA-NN、Spectronaut等）提供了強大的數據處理與統計功能，使得數據分析更為系統、標準化。

三、無biāojìdìng量的局限性

1、對質譜儀器的穩定性要求高

LFQ的定量精度極度依賴于質譜儀的運行穩定性。如果采集過程中存在批次效應（batch effect）、保留時間漂移或離子源波動，可能會嚴重影響數據可比性。因此，LFQ實驗對質譜平臺的維護、質控流程與樣本上機順序都有較高要求，推薦搭配使用標準化的QC策略。

2、低豐度蛋白定量能力相對不足

在復雜生物樣本中，dànbáizhì濃度差異可能達到10^6級別。LFQ雖然能捕捉大量中高豐度蛋白，但對低豐度或難離子化蛋白（如轉錄因子、細胞因子）仍存在識別率偏低的問題。此外，高豐度蛋白的離子抑制效應也可能掩蓋低豐度信號，降低整體的動態范圍。為提升靈敏度，研究者常需采用分段分離（如高pH反向相色譜預分餾）或靶向增強策略（如PRM）輔助分析。

3、數據處理復雜，分析結果受算法影響大

LFQ產生的原始數據體量大、變量多，且與實驗條件密切相關。不同的數據處理軟件對特征提取、歸一化、缺失值*和差異分析的策略各異，可能導致結果不一致。此外，LFQ的定量結果主要為相對表達量，對dànbáizhìjuéduì豐度的判斷仍需依賴外源標準或其他校準手段。LFQ數據分析不僅依賴于合適的軟件工具，還需要研究者具備一定的統計學和生物信息學知識。

四、應用場景

無biāojìdìng量方法被廣泛應用于多個領域。例如：

• 腫瘤研究：比較不同癌癥組織中蛋白表達差異，挖掘潛在生物標志物

• 藥物機制研究：揭示化合物處理前后dànbáizhì組變化，輔助機制解析

• 免疫學研究：評估細胞因子、受體表達與免疫反應相關通路活性

• 微生物組學：探索微生物代謝通路及其與宿主互作關系

無biāojìdìng量dànbáizhì組學方法以其操作簡便、成本低、樣本適應性強等特點，已成為dànbáizhì組研究中的重要工具。但LFQ在某些方面仍存在局限。科研人員在選擇無biāojìdìng量策略時，需結合研究目的、樣本特點和平臺能力，進行綜合評估。百泰派克生物科技致力于為科研人員提供高質量、定制化的定量蛋白組分析服務。歡迎聯系我們，共同探索dànbáizhì表達的奧秘，加速科研創新。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上*的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術*，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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