熒光是George Gabriel Stokes于1852年shouci報道的一種現(xiàn)象。他觀察到螢石在紫外線照射后開始發(fā)光。熒光是光致發(fā)光的一種形式，是指一種材料被光照射后會發(fā)射出光子。發(fā)射光的波長比激發(fā)光更長。這種效應(yīng)又稱為斯托克斯位移。
熒光在顯微鏡中有著廣泛的應(yīng)用，是觀察特定分子分布的重要工具。細(xì)胞中的絕大多數(shù)分子并不會發(fā)出熒光，因此必須用熒光分子即所謂的熒光素進行標(biāo)記。對于感興趣的分子可以直接標(biāo)記（例如，用DAPI標(biāo)記DNA），或者使用可與特異性抗體偶聯(lián)的熒光素進行免疫染色。免疫染色時通常必須對細(xì)胞進行固定。
熒光顯微鏡還可對活細(xì)胞或組織進行延時成像。為此，對于感興趣的蛋白質(zhì)可以使用基因編碼的熒光分子進行標(biāo)記，如GFP（綠色熒光蛋白）。對于感興趣的分子（如Ca2+）還可以使用可逆結(jié)合的合成染料（如fura-2）或轉(zhuǎn)基因天然蛋白質(zhì)（如GFP衍生物）進行標(biāo)記。
圖1：當(dāng)特定波長（激發(fā)波長）的光照射到分子上（例如照射到熒光團中）時，光子會被分子的電子吸收。然后，電子從它們的基態(tài)(S0)提升到更高的能級，即激發(fā)態(tài)(S1’)。這個過程被稱為激發(fā)(1)。激發(fā)態(tài)壽命很短(通常為10-9/-10-8秒)，在此期間電子的一些能量會丟失(2)。當(dāng)電子離開激發(fā)態(tài)(S1)返回基態(tài)(3)時，它們會失去在激發(fā)過程中獲得的剩余能量。熒光團的獲得的能量會以光子形式釋放，釋放的光子波長以比激發(fā)光波長更長，從而能量更少。這種現(xiàn)象被稱為斯托克斯位移。
圖2：COS 7細(xì)胞，綠色：無特征蛋白質(zhì)，GFP，紅色：α-微管蛋白，Cy3，藍(lán)色：細(xì)胞核，DAPI。感謝中國上海SIBS、CAS、生物化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)研究所邊瑋提供的圖片。
圖3：小鼠成纖維細(xì)胞，綠色：F-肌動蛋白，F(xiàn)ITC，紅色：微管蛋白，Cy5，藍(lán)色：細(xì)胞核，DAPI。感謝德國海德堡Max Planck醫(yī)學(xué)研究所Günter Giese博士提供的圖片。
圖4：小鼠原代海馬神經(jīng)元細(xì)胞，藍(lán)色：轉(zhuǎn)染細(xì)胞標(biāo)記；綠色：肌動蛋白，TRITC；紅色：GluA Ampa受體單位，Texas Red；灰色：突觸小泡蛋白，Cy 5
圖5：果蠅幼蟲，綠色：RNA結(jié)合蛋白，Alexa 488
由于磷光分子發(fā)光的時間比熒光素長得多，因此它們儲存激發(fā)能量的方式肯定有所不同。這種差異的基礎(chǔ)在于兩種形式的激發(fā)能級，即單重激發(fā)態(tài)和三重激發(fā)態(tài)都基于不同的自旋排列。
自旋是電子的一種屬性。簡單來說，自旋描述了由電子旋轉(zhuǎn)引起的角動量。電子的自旋方向可以是正方向（+1/2），也可以是負(fù)方向（?1/2）。更高能級的自旋配對可以在相互方向上平行或反平行。在反平行自旋配對中，單個角動量相互補償，同時自旋總值為零。這種自旋排列就稱為單重態(tài)。兩種平行自旋互不補償且所得數(shù)值不同于零值，在這種情況下，自旋被稱為三重態(tài)。
當(dāng)電子從單重態(tài)激發(fā)態(tài)回到基態(tài)時，就會產(chǎn)生熒光。但在某些分子中，被激發(fā)電子的自旋可以在一種稱為系統(tǒng)間交叉的過程中轉(zhuǎn)換為三重態(tài)。這些電子失去能量，直到它們處于三重基態(tài)。這種態(tài)比基態(tài)具有更高的能量，但也比單重態(tài)激發(fā)態(tài)具有更低的能量。因此，電子無法切換回單重態(tài)，也不能輕易地返回基態(tài)，因為量子力學(xué)只允許自旋總值為零。因此分子被困在其能量狀態(tài)當(dāng)中。
但從三重基態(tài)到基態(tài)的一些變化有時還是有可能的。這些變化會發(fā)射出光子和磷光。由于一次只有少數(shù)事件可能發(fā)生，三重基態(tài)呈現(xiàn)為能量儲庫的形式，因此能夠在更長的一段時間內(nèi)發(fā)出磷光。
對于顯微鏡，熒光是最為實用的一種冷發(fā)光。熒光素可以很容易地通過特定的光源（如燈和濾光系統(tǒng)或激光器）在特定波長下激發(fā)，發(fā)射光和激發(fā)光可以通過波長來加以區(qū)分（斯托克斯位移）。
利用熒光成像，實驗室人員可以對細(xì)胞內(nèi)的分子數(shù)量和位置進行特征描述。熒光顯微鏡的另一個優(yōu)點是可以同時使用幾種熒光素。熒光素只需其激發(fā)和發(fā)射波長不同即可。因此，不同目標(biāo)分子均可同時觀察并開展大量的實驗，例如開展共定位的研究等。
圖6：果蠅，幼蟲齡期，綠色：Feb211陽性神經(jīng)元及其軸突，Alexa 488；紅色：CNS纖維部分（即所有軸突），Cy3；藍(lán)色：細(xì)胞核，DAPI。感謝德國Eggenstein-Leopoldshafen毒理學(xué)與遺傳基因研究所，Karlsruhe研究所Christoph Melcher博士提供的圖片。
圖7：小鼠腎臟切片，綠色：腎小球和腎曲小管，Alexa 488 WGA；紅色：F-肌動蛋白（普遍存在于腎小球和刷狀緣）；藍(lán)色：細(xì)胞核，DAPI
圖8：新生心肌細(xì)胞，黃色：DNA，DAPI；綠色：肌間蛋白，Cy3；紅色：鈣粘蛋白，Texas Red；藍(lán)色：肌動蛋白，Alexa 633
圖9：熒光顯微鏡下獲得的分裂中期FISH染色染色體。感謝東京大學(xué)前沿科學(xué)研究生院人類進化實驗室Yumiko Suto博士提供的圖片。
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