分子生物中RNA 和 DNA 提取會常常遇到一些問題，下面小編就RNA 和 DNA 提取實驗中的通常遇到的幾個問題進行解析。
1.提取產量低
如果您遇到的 DNA/RNA 產量低于您對樣品的預期，則需要考慮許多因素。通常，這是一個裂解問題。未裂解是產量低的主要原因。它也可能是由不正確的綁定條件引起的。確保使用新鮮的優質乙醇（100% 200 標準）稀釋緩沖液或添加到結合的步驟。劣質乙醇或舊庫存可能已經吸收了水分，并且濃度不正確。如果洗滌緩沖液制備不正確，您可能正在洗掉提取的 DNA 或 RNA。
2.提取低純度
如果提取的 DNA 被蛋白質污染（低 260/280），那么您可能開始時樣品過多，而蛋白質沒有去除或溶解。
如果 DNA 的 260/230 比率不佳，則問題通常是結合或洗滌緩沖液中的鹽分。確保使用最高質量的乙醇來制備洗滌緩沖液，如果問題仍然存在，請再次洗滌色譜柱。
與其他樣品相比，一些樣品含有更多的抑制劑。環境樣品特別容易出現純度問題，因為腐殖質在提取過程中會被溶解。
腐殖質的行為與 DNA 相似，很難從硅膠柱中去除。
3.DNA或RNA降解
降解是RNA制備中常常到的問題。因為在 RNA 提取過程中，樣品儲存不當或裂解效率低等情況都會導致降解。對于 DNA 提取，降解不是一個大問題，因為對于 PCR，DNA 可以被剪切并且工作正常，如果不希望有較多剪切的 DNA，可以使用弱裂解的方法。
PCR 凈化時的注意事項
PCR 凈化其實并不是 DNA 提取技術本身，但它是一種效率高且簡單的技術，它只是添加高濃度的結合鹽（通常每體積 PCR 反應 3-5 體積鹽）和離心來過濾。
在實驗過程中，PCR Clean-up 試劑盒出現故障也會導致整個實驗功虧一簣。
因為在PCR 反應中有較多吸收 260 度紫外線的物質，比如：核苷酸、去污劑、鹽和引物。所以，PCR 凈化試劑盒經常無法正常工作可能是由于 PCR 反應失敗所造一般成較難清理。
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