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當樣品定量管經過充分的沖洗后，可以將旋柄轉回取樣位置（Load），也可以繼續保持在進樣位置，到下次取樣前才切換回取樣位置。在切換回取樣位置時，將樣品進樣針或微量樣品進樣針從進樣閥中拔出。
為防止交叉污染，正常情況下不必每次進樣后都沖洗進樣閥注射針導入口。進樣閥內根據設計的直接連接進樣孔，可以使注射針頭的前端直接連接到樣品定量管的末端，沒有其他空間供樣品殘留。這樣在下一次進樣時，就不會有上一次殘留的樣品進入樣品定量管。
但是在進樣針頭插入或拔出過程中，會有痕量的樣品沉積在針頭密封區域。精密的測定顯示這種殘留有1nL ~ 10nL。這表明進20μL樣品，會殘留0.005% ~ 0.05%。每次進樣后沖洗注射針導入口可以將此殘留沖洗干凈。沖洗注射針導入口的過程為：設定流動相的流速為0.1mL/min ~ 1mL/min，將注射針導入口沖洗頭（Rheodyne部件號7125-054）連接到一只體積相對較大的注射器上，用大量的流動相只在進樣位置清洗注射針導入口。這樣進入進樣閥中的液體繞過樣品定量管由樣品溢出管5# 口排出。這一過程可以將注射針導入口、引導管、注射針導入管和注射針密封圈*清洗。而采用注射器*插入式的沖洗方式，則不能全部清洗上述部分的表面。在取樣位置將注射針插入注射針導入口時，針頭推動注射針密封圈內少量樣品液體（上一次沖洗注射針導入管留下的）進入樣品定量管。當該樣品液體與所用的流動相組成不同，且同時采用部分充滿定量管進樣方式時，在高靈敏度的檢測器上可能出現怪峰。所以沖洗注射針時用流動相沖洗。
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