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長時間使用純水沖洗離子色譜柱會對其有影響
用純水短時間內沖洗離子色譜柱，通常不會對色譜柱造成較大的損傷，但如果長時間用水沖洗色譜柱則可能引起固定相流失和相塌陷現象，所以若非必要請盡量避免用純水沖洗色譜柱。建議在水中加入一定量的甲醇或乙腈進行沖洗，通常水的含量<90%不會對色譜柱造成任何影響。
原因分析：
1.由于目前所用的色譜柱大多以硅膠為基質，硅膠的溶解特點是在純水中的溶解度比在含有一定濃度有機溶劑的流動相中要大得多，所以長時間的用純水沖洗會導致固定相的流失，引起柱效下降。
2.對于常規的 C18 柱而言，由于C18 長鏈與水是不互溶的，C18 長鏈之間的相互作用力大于C18 與水分子的作用力，長時間的用水沖洗，使得C18 長鏈之間相互靠近，水流的沖刷，導致相互聯結的C18 長鏈倒伏在硅膠基質的表面，對疏水性物質的保留能力下降，即相塌陷。有些廠家推出了適于做離子色譜柱沖洗的純水柱，這種純水柱可以用純水作流動相而不會產生相塌陷，這對只溶于純水的樣品的分析提供了一個很好的選擇。
3.如使用過含緩沖鹽的流動相的色譜柱，用純水沖洗，并一定能將緩沖鹽*洗去。因為，由于緩沖鹽難溶于有機溶劑，C18 反相柱中用的填料是在硅膠表面上接上許許多多的C18 長鏈，相當于一個疏水的有機相，而硅膠基體被有機物質包裹著，所以用純緩沖鹽水溶液做流動相時也許緩沖鹽不容易到達硅膠基質，不至損害基體。但所用的流動相通常會含一部分有機溶劑，而且這些有機溶劑與C18長鏈是互溶的，因此有機溶劑的加入增強了流動相滲入硅膠基質的能力，能使部分緩沖鹽達到硅膠基質。
同樣的道理，用純水沖洗只能洗掉表面的緩沖鹽，而滲入深處的緩沖鹽則仍然殘留在那里。所以建議在水中加入部分有機溶劑進行沖洗，一般的C18柱通常用含水20％～90％都可以，含水的比例要視分析時使用的流動相來定，原則上，用于沖洗的流動相中水的比例應該等于或高于（緩沖鹽用后清洗的情況，推薦使用“等于”）分析時所用流動相中水的比例。