離子色譜的進樣方式主要分為3種類型：即氣動、手動和自動進樣。

1．手動進樣閥

手動進樣采用六通閥，其工作原理與HPLC相同，但其進樣量比HPLC要大，一般為50μL。其定量管接在閥外。樣品首先以低壓狀態充滿定量管，當閥沿順時針方向旋至另一位置時，即將貯存于定量管中固定體積的樣品送入分離系統。

2．氣動進樣閥

氣動閥采用氦氣或氮氣氣壓作動力，通過兩路四通加載定量管后，進行取樣和進樣，它有效地減少了手動進樣過程中動作不同所帶來的誤差，并實現半自動進樣的方式。

3．自動進樣

自動進樣器是在色譜工作站控制下，自動進行取樣、進樣、清洗等一系列操作，操作者只須將樣品按順序裝入樣品盤中。圓盤式自動進樣的工作步驟如下：

(1)電機帶動樣品盤旋轉，待分析樣品置于取樣針正下方；

(2)電機正轉，絲桿帶動滑塊向下移，把取樣針插入樣品塑料蓋，滑塊繼續下移，將瓶蓋推入瓶內，在瓶蓋擠壓下樣品經管道流入進樣閥定量管，完成取樣動作；

(3)進樣閥切換，完成進樣；

(4)電機反轉，絲桿帶動滑塊上移，取樣針恢復原位。

自動進樣可以達到很寬的樣品進樣量范圍的目的。高檔的自動進樣器還具有在線處理樣品的能力，如過濾、稀釋、混合、滲析等功能。