薄層定量工作一般初是通過目視法或測面積法對薄層上分離的斑點與標準品比較進行含量估計，但由于方法粗糙，可引起很大誤差。后來將斑點定量收集后，用紫外或可見光度法進行定量，雖然準確度有所提高，但操作步驟多，工作效率低。因此多年來薄層色譜法只能停留在分離鑒定和半定量的水平。自70年代后各國相繼設計出各種型號的薄層色譜掃描儀來，使薄層定量工作進入了儀器化、自動化的階段，從而使薄層色譜法成為微量、快速定量的有力手段。薄層掃描儀的用途主要有兩方面。

　　1.定性———光譜測定。

　　在薄層上被分離的斑點，除用Rf值及斑點本身的顏色特征、熒光或用特殊顯色劑顯色后進行待測化合物的定性外，還可用薄層色譜儀在波長200-800nm之間進行斑點的原位掃描，測得該化合物的吸收曲線及一般大吸收，并與對照品比較從而對樣品中該成分進一步確證。CAMAG公司的CATS軟件有斑點色譜圖的儲存功能，因此可對斑點光譜進行檢索，可隨時與分析樣品或標準作對比。

　　2.定量———色譜測定

　　被分離的物質斑點在薄層掃描儀上用合適的測定參數進行掃描，可得到斑點的面積值與已知量的對照品斑點的面積相比較，可以計算出樣品中被測成分的含量。有些薄層掃描儀與微處理機聯用，可給出被測物質的濃度或百分含量。