新一代測序（NGS）改變了基因組學研究，并且在臨床中也起著至關重要的作用，在評估新藥物治療方面，以NGS為基礎的檢測也是越來越重要，同時也越來越多地用于篩選，診斷和癌癥及其他疾病的分子表征研究，這些分子病理工具的發展導致了個性化治療和預防性治療。

而實驗室進行高通量測序需要依靠高品質的試劑以獲得最佳結果，水是NGS工作流程中不可少卻經常被忽視的試劑，從系統清洗到基因測序，NGS工作流程中的各種環節都需要不同級別的水。

現如今各種NGS平臺依賴于不同的化學過程和測序步驟，但大多數都遵循類似的實驗流程。水質可能影響實驗流程的每一環節。

DNA片段化高質量的測序文庫對于獲得可靠的NGS數據至關重要，第一步是DNA片段化，如果使用聲剪切或超聲處理來分離DNA，對于水浴用水建議使用無顆粒的純水（例如Elix®系統），因為雜質會影響能量轉移到樣品的效率。應定期更換水以限制細菌生長并降低樣品污染的風險。

核酸文庫制備水含有的污染物，即使非常微量也可能直接干擾DNA或文庫制備期間進行的酶反應（例如末端修復、連接、PCR）。酶活性可能受到水中痕量的有機分子（腐殖酸），離子或金屬（鎂、鐵等）的影響。

此外，核酸酶可能降解樣品，也需要避免。再者，水中如顆粒或細菌的污染可能會污染儀器或沉積在自動化液體處理系統中。

因此，推薦使用不含核酸酶的超純水（例如來自裝有Biopak®終端精制器的Milli-Q®系統）。

對于文庫定量和質量控制，會使用凝膠，芯片或毛細管電泳。在所有情況下，水質會影響帶有電荷的樣品的遷移，熒光檢測也可能被有機污染物干擾。

因此，為了確保結果的可靠，應使用不含離子和有機物的超純水（電阻率18.2 MΩ·cm；TOC 5 ppb以下），用于緩沖液和毛細管凝膠的制備及溶液稀釋。
 
新一代測序測序過程對任何核酸酶活性都非常敏感。 雖然核酸酶污染的影響在初始加載和校準期間可能不明顯，但隨著時間的推移，信號的劣化會給實驗帶來災難性的結果。

因此，推薦使用無核酸酶的超純水，用于緩沖液的稀釋和系統運行緩沖液的配制。

基于熒光的NGSNGS平臺在工程構造和測序化學原理方面有所不同，但大部分依賴于熒光檢測。除了上述水中污染物外，必須避免痕量有機污染物，它們可能會影響熒光檢測。事實上，水中的有機污染物可以猝滅或增加熒光信號，這兩種情況都會產生錯誤的結果。

離子半導體NGS該測序技術通過檢測核苷酸摻入過程中的質子釋放，它不同于光學檢測，而是通過精確測量pH變化來進行檢測。該技術對于不是由于DNA分子擴展而導致的任何pH變化非常敏感。

儀器制造商特別建議使用新鮮純化的超純水確保pH接近7。這是因為儲存中超純水在與大氣接觸后會吸收二氧化碳并變成弱酸性，會影響測序過程。對于這個原因，用于離子半導體NGS檢測的超純水必須新鮮純化并避免與大氣接觸。

水是NGS中的重要試劑，其質量直接影響了測序結果的一致性和可靠性。設計優良和維護穩定的水純化系統可以為實驗室提供高品質的水，以滿足所有實驗需求。