2023年第二季度已經(jīng)結(jié)束，又到了陳老濕交季報(bào)的時(shí)間。這個(gè)季度的國內(nèi)Octet® 文章涵蓋了蛋白、小分子等多種應(yīng)用，并包含多篇CNS。從那么多高水平文章中不難看出：Octet® 非標(biāo)記分析互作系統(tǒng)是一臺(tái)功能強(qiáng)大、應(yīng)用廣泛、經(jīng)濟(jì)高效的好儀器！今天，我們統(tǒng)計(jì)了約60篇文章的單位和應(yīng)用方向（見文末）與大家分享。
 

Octet® 文獻(xiàn)單位統(tǒng)計(jì)

中山大學(xué)、南京大學(xué)和南京農(nóng)業(yè)大學(xué)等多個(gè)單位發(fā)表的文章在兩篇以上。從應(yīng)用方向上看，依舊涉及到多個(gè)方向，其中小分子的應(yīng)用文章最多！生物層干涉（BLI）技術(shù)無流路、對(duì)溶劑（DMSO）不敏感、假陽性低、高通量、操作簡單、低成本、儀器穩(wěn)定性好等優(yōu)點(diǎn)可以幫助研究人員更加快速和高質(zhì)量的獲得小分子親和力數(shù)據(jù)；而且還具備垂釣（用已知物質(zhì)垂釣未知物質(zhì)進(jìn)行鑒定功能）、多聚物和定量方法開發(fā)等應(yīng)用。

武漢大學(xué)Nature

揭示害蟲取食與植物反取食的分子機(jī)制[1]

褐飛虱是對(duì)水稻造成損失最嚴(yán)重的害蟲之一。BISP（BPH14-Interacting Salivary Protein）在褐飛虱唾液腺中高表達(dá)，是抑制水稻害蟲防御的重要蛋白。武漢大學(xué)何光存課題組表達(dá)并純化了受體BPH14——當(dāng)BISP進(jìn)入水稻細(xì)胞后，它會(huì)立即與BPH14發(fā)生特異性結(jié)合而被識(shí)別，激發(fā)強(qiáng)烈的抗蟲反應(yīng)，從而阻止了褐飛虱的侵害，賦予水稻對(duì)褐飛虱的高抗性。Octet® 在這項(xiàng)研究中被用來檢測(cè)BISP與BPH14的親和力。

 

 

圖1. Octet® 檢測(cè)發(fā)現(xiàn)，BISP26-124結(jié)構(gòu)域與BPH14的LRR結(jié)構(gòu)域結(jié)合，但與BISP125-241不結(jié)合

 

陳老師點(diǎn)評(píng)

中科院生化所

Octet® 互作儀和Incucyte® 聯(lián)用文章[2]

動(dòng)態(tài)調(diào)節(jié)整合素的激活和失活對(duì)于精確控制細(xì)胞粘附和遷移非常重要。本文確定了LRP12作為α4整合素激活的內(nèi)源性跨膜抑制劑。LRP12細(xì)胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域直接與α4整合素胞質(zhì)尾部結(jié)合，并抑制talin與β亞基的結(jié)合，從而保持整合素?zé)o活性。在遷移細(xì)胞中，LRP12-α4相互作用使得誘導(dǎo)新生粘附（NA）翻轉(zhuǎn)。LRP12的敲除導(dǎo)致NAs增加和細(xì)胞遷移增強(qiáng)。在文章中，賽多利斯Octet® 被用來檢測(cè)LRP12和α4整合素的直接互作，Incucyte® 則被用來檢測(cè)細(xì)胞遷移（劃痕實(shí)驗(yàn)）。

圖2. Incucyte® 結(jié)果顯示，加入外源LRP12可以抑制細(xì)胞遷移；如果沉默LRP基因，可以增加細(xì)胞遷移

圖3. Octet® 證明了LRP12細(xì)胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域直接與α4整合素胞質(zhì)尾部結(jié)合

 

陳老師點(diǎn)評(píng)

Octet® 作為分子水平互作研究的利器，結(jié)合Incucyte® 細(xì)胞水平表型研究應(yīng)用，使得研究更加全面、深入，強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合。

 

廣西大學(xué)

適配子垂釣[3]

 

近年來，蝗災(zāi)在世界范圍內(nèi)頻繁發(fā)生，引起了人們的高度關(guān)注。本文開發(fā)了一種便攜式、獨(dú)立的核酸適配子傳感器來檢測(cè)蝗蟲信息素4-乙烯基苯甲醚（4VA），以監(jiān)測(cè)蝗蟲種群動(dòng)態(tài)，實(shí)現(xiàn)蝗災(zāi)預(yù)警。文章使用Octet® 的垂釣方法獲得了針對(duì)4VA的高親和力適配子，其KD值為269.25±90.65nM的，并用此來建立傳感器檢測(cè)方法。

 

 

 

圖4. 使用Octet® 傳感器固化4-乙烯基苯甲醚（4VA），結(jié)合適配子庫，然后用不同強(qiáng)度方法洗脫與4VA結(jié)合的適配子

 

陳老師點(diǎn)評(píng)

重要的事情說一萬遍，Octet®是做分子垂釣實(shí)驗(yàn)的一把好手。

 

 

清華大學(xué)CELL

病毒受體結(jié)合機(jī)制[4]

 

塞姆利基森林病毒（SFV）是一種在脊椎動(dòng)物宿主和昆蟲媒介感染期間使用極低密度脂蛋白受體（VLDLR）作為受體的病毒。本文使用冷凍電子顯微鏡觀察了VLDLR與SFV的復(fù)合物結(jié)構(gòu)。研究發(fā)現(xiàn)：SFV的表面蛋白E1的DII結(jié)構(gòu)域結(jié)合VLDLR的膜遠(yuǎn)端LDLR A類（LA）重復(fù)序列。在VLDLR的LA重復(fù)序列中LA3對(duì)SFV的結(jié)合親和力最好。高分辨率結(jié)構(gòu)解析結(jié)果也驗(yàn)證了這個(gè)結(jié)論。

 

圖5. Octet® 測(cè)試發(fā)現(xiàn)，VLDLR的LA重復(fù)序列中LA3與E1 DIII的親和力最高

 

陳老師點(diǎn)評(píng)

這里列出的數(shù)據(jù)僅為這篇文章中Octet® 檢測(cè)數(shù)據(jù)的1/4，還有各種突變體的Octet® 檢測(cè)親和力數(shù)據(jù)，復(fù)合物結(jié)構(gòu)解析還是要通過Octet® 互作來進(jìn)行驗(yàn)證！

 

 

Octet® 非標(biāo)記分子互作分析系統(tǒng)的優(yōu)勢(shì)在于：

 

非標(biāo)記Direct binding是趨勢(shì)，結(jié)果更準(zhǔn)確;本文的三次重復(fù)結(jié)果非常一致

 

快速測(cè)定親和力，更加定量化地表征分子互作; 比如本文也用了IP或者其他標(biāo)記方法來測(cè)試受體與細(xì)胞因子的互作，最終還是需要用Octet® 來定量檢測(cè)兩者互作

 

無洗滌步驟，可測(cè)弱親和力（解離快）

 

寫入了美國藥典，文章多，認(rèn)可度廣

 

萬金油技術(shù)，可以用與檢測(cè)DNA，小分子，蛋白質(zhì)等各種生物分子

 

操作簡便，耗材及維護(hù)成本低

 

 

最后，祝愿大家都可以用賽多利斯“神器”發(fā)好文章！

Octet®  Q2文獻(xiàn)列表

High-affinity decoy protein, nFD164, with an inactive Fc region as a  potential therapeutic drug targeting CD47.Biomedicine & Pharmacotherapy 162 (2023) 114618

軍科院，抗體

A procedure for producing an anti-AXL nanobody in E. coli.Protein Expression and Purification 207 (2023) 106268

中國海洋大學(xué)，抗體

Potent NTD-Targeting Neutralizing Antibodies against SARS-CoV-2 Selected from a Synthetic Immune System.Vaccines 2023, 11, 771

上海科技大學(xué)，抗體

Structural Insights into the Binding of Red Fluorescent Protein mCherry-Specific Nanobodies.Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 6952.

復(fù)旦大學(xué)，抗體

A Novel Rabbit Anti-Myoglobin Monoclonal Antibody’s Potential Application in Rhabdomyolysis Associated Acute Kidney Injury。Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 7822.

天津大學(xué)，抗體

Mpox multi-antigen mRNA vaccine candidates by a simplified manufacturing strategy afford efficient protection against lethal orthopoxvirus challenge。Emerging Microbes & Infections

中國科學(xué)院微生物研究所，抗體

Preclinical Evaluation of 9MW2821, a Site-Specific Monomethyl  Auristatin E-based Antibody-Drug Conjugate for treatment of Nectin-4-expressing Cancers。AACR

華西醫(yī)院，抗體

Inside-out assembly of viral antigens for the enhanced vaccination。Signal Transduction and Targeted Therapy (2023) 8:189

中國科學(xué)院過程工程研究所，抗體

AMT-562, a novel HER3-targeting antibody drug conjugate, demonstrates a potential to broaden therapeutic opportunities for HER3-expressing tumors.

中山大學(xué)，抗體

African Swine Fever Virus I73R is A Critical Virulence-related Gene: A Potential Target for Attenuation。PNAS

上海獸醫(yī)研究所，DNA

lincRNA RP24-315D19.10 promotes endometrial decidualization via upregulation of hnRNPA2B1。BBA - Molecular Basis of Disease 1869 (2023) 166762

重慶醫(yī)科大學(xué)，RNA

A meet-up of acetyl phosphate and c-di-GMP modulates BldD activity for development and antibiotic production.Nucleic Acids Research, 2023

華東理工大學(xué)，RNA

Structural and biochemical characterization of Schlafen11 N-terminal domain.Nucleic Acids Research, 2023

病原生物學(xué)研究所，RNA