制氮機可用于制藥工業的諸多加工環節中，從用于氮封高純度制藥原料到惰化吸塑包裝和疫苗瓶。在制藥環節中，為了避免氧化，需要減少氧氣的存在，這時候就需要用到制氮機。用氮氣氮封或惰化環境時，可以保持物質性質的穩定，否則與氧氣接觸會導致性質發生改變甚至產生毒性。氮氣是一種干燥的惰性氣體，當氧氣會加速氧化或影響產品質量時，氮氣就是替代氧氣的一個非常好的選擇。

轉移
高壓氮氣也用于幫助物質從一個容器安全轉移到另一個容器。這種的方法可以在不損害原有物質的同時有效加快轉送過程

吹掃
生產和分析儀器可用氮氣吹掃，以去除生產加工中的氧氣或水分，提高產品質量并降低進一步需要加工處理的可能

氮封
化學性質活潑的藥物成分和藥品必須合理儲存，以確保濕氣和氧氣不會影響產品品質，粉末不會結塊。用氮氣氮封可以提供一個惰化的環境，抑制空氣造成的污染，如濕氣滋生和細菌產生。氮氣可以從根本上防止能與氧氣發生反應的物質與氧氣接觸，并確保產品品質。

由于安全、方便、可靠同時也無需大量存儲，氮氣發生器也越來越廣泛地應用于制藥設備實驗室或醫院中，取代了高壓氣瓶。