氣體中的雜質主要是一些*氣體、低分子有機化合物和水蒸氣，分析時，主要會對分析對象、色譜柱、檢測器和色譜圖造成影響，影響靈敏度和穩定性，以及結果分析，因此所以氣體在進入儀器前要嚴格凈化，保證儀器工作所需要的純度。

　　首先，氣相色譜對各種氣體（載氣和輔助氣）的純度要求較高，氣體純度一般要求≥99.99%。采用什么樣的氣源，是用高壓鋼瓶還是色譜空氣發生器，要具體分析。一般氣體廠能保證供氣的質量，成本也相對較低，且實驗室更換鋼瓶方便，好使用鋼瓶。

　　如果使用氫氣鋼瓶，應放在室外或獨立氣體間以確保安全；如果實驗室換氣頻繁或者存放不方便，推薦使用色譜空氣發生器。

　　其次，為除去氣體中的雜質，要在氣源和儀器之間連接凈化裝置。

　　凈化用的分子篩、活性炭和硅膠，經過一定時間后，要注意檢查和更換，更換后的填料可以重新活化繼續使用，但是要注意除去填料中的粉末，避免堵塞氣路。

　　此外，為保證氣體的使用安全，還需要考慮廢氣（放空氣體）的排放安全。

　　如隔墊吹掃氣、分流放空口和檢測器放空口等管路應盡量接到室外（使用氫氣為載氣時，則必須接到室外），避免有毒有害物質污染室內空氣，危害操作人員健康，同時也考慮氫氣作載氣時的安全問題。