臨床上，暗視野顯微鏡常用于檢查蒼白螺旋體。這是一種病原體檢查，對早期梅毒的診斷有十分重要的意義。
暗視野顯微鏡常用來觀察未染色的透明樣品。這些樣品因為具有和周圍環境相似的折射率，不易在一般明視野之下看的清楚，于是利用暗視野提高樣品本身與背景之間的對比。這種顯微鏡能見到小至4~200nm的微粒子，只能看到物體的存在、運動和表面特征，不能辨清物體的細微結構。
(1) 把暗視野聚光器裝在顯微鏡的聚光器支架上。
(2) 選用強的光源，但又要防止直射光線進入物鏡，所以一般用顯微鏡燈照明。
(3) 在聚光器和標本片之間要加一滴香柏油，目的是不使照明光線于聚光鏡上面進行全反射，達不到被檢物體，而得不到暗視野照明。
(4) 升降集光器，將集光鏡的焦點對準被檢物體，即以圓錐光束的頂點照射被檢物。如果聚光器能水平移動并附有中心調節裝置，則應首先進行中心調節，使聚光器的光軸與顯微鏡的光軸嚴格位于一直線上。
(5) 選用與聚光器相應的物鏡，調節焦距，找到所需觀察的物象。
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