反滲透或納濾系統一旦出現顆粒和膠體的污堵就會嚴重影響膜的產水量，有時也會降低脫鹽率。膠體污堵的早期癥狀是系統壓差的增加，膜進水水源中顆粒或膠體的來源因地而異，常常包括細菌、淤泥、膠體硅、鐵腐蝕產物等，預處理部分所用的藥品如聚合鋁和三氯化鐵或陽離子聚電介質，如果不能在澄青池或介質過濾器中有效的除去，也可能引起污堵。此外陽離子性的聚電介質也會與陰離子性的阻垢劑反應，其沉淀物會污堵膜元件，水中這類污堵傾向或預處理是合格采用SDI15進行評價，請參考相關章節的詳細介紹。