薄層色譜掃描儀是在經過薄層色譜分離后，對薄層板上分離出來的在紫外和可見光區有光吸收的斑點，或經激發后能發射出熒光的斑點，進行光掃描，將掃描得到的譜圖和積分數據用于物質定性或定量的分析儀器。該掃描儀也能檢測254nm或365nm紫外照射產生的熒光強度，從而進行異性檢測。傳統掃描儀的掃描方式分為：單光束掃描、雙光束掃描和雙波長掃描。
1、薄層板制備除另有規定外,將1份固定相和3份水在研缽中向方向研磨混合,去除表面的氣泡后，倒入涂布器中,在玻板上平穩地移動涂布器行涂布厚度為0.2～0.3mm，取下涂好薄層的玻板，置水平臺上于室溫下晾干，后在110℃烘30分鐘，即置有干燥劑的干燥箱中備用。使用前檢查其均勻度可通過透射光和反射光檢視。
2、點樣除另有規定外，用點樣器點樣于薄層板上，般為圓點，點樣基線距底邊2.0cm，樣點直徑及點間距離同紙色譜法,點間距離可視斑點擴散情況以不影響檢出為宜。點樣時必須注意勿損傷薄層表面。
3、展開展開缸如需預用展開劑飽和，可在缸中加入足夠量的展開劑，并在壁上貼二條與缸樣、寬的濾紙條，端浸入展開劑中，密封缸的蓋，使系統平衡或按正文規定操作。
將點好樣品的薄層板放入展開缸的展開劑中,浸入展開劑的深度為距薄層板底邊0.5～1.0cm切勿將樣點浸入展開劑中,密封缸蓋,待展開至規定距離般為10～15cm、,取出薄層板，晾干，按各品種項下的規定檢測。
4、如需用薄層掃描儀對色譜斑點作掃描檢出，或直接在薄層上對色譜斑點作掃描定量，則可用薄層掃描法。
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