離心超濾管通常不需要預處理即可使用（也有人說用蒸餾水洗一次會好些），不過對于蛋白質樣本處理，特別是較稀的蛋白質溶液來說(<10ug/mL)，用超濾膜濃縮回收率常常是不定量的。雖然PES材料使非特異吸附小化，但是，某些蛋白，特別是稀的時候，會有問題。非特異結合的程度隨著個別蛋白結構的不同而不同。含有帶電的或者疏水結構域的蛋白質更易于不可逆結合到不同表面。對超濾離心管表面做鈍化預處理可降低蛋白質在膜表面的吸附性損失，大多數情況下，在濃縮稀蛋白溶液之前預處理柱子可以提高回收率，因為溶液可填滿膜和表面暴露的空白蛋白吸附位點。鈍化的方法是預先用高容積的鈍化溶液預浸泡柱子1小時以上，蒸餾水*沖洗柱子，再用蒸餾水離心一次以*除去可能殘留在膜上的鈍化溶液。注意鈍化處理后別讓膜干了。離心超濾管如果要留待以后使用，需要加無菌蒸餾水保持膜濕潤。常用的鈍化溶液可選擇：

　　1、1％牛血清白蛋白磷酸緩沖液溶液

　　2、5％十二烷基磺酸鈉蒸餾水水溶液

　　3、5％Tween-20非離子活性劑蒸餾水溶液

　　4、5％Triton-X 蒸餾水溶液

　　5、5％聚乙二醇化合物蒸餾水溶液

　　6、1％免疫球蛋白IgG磷酸緩沖液溶液

　　離心超濾管因為需要高速離心，某些對剪切力或壓力誘導下易變性的不穩定樣品可能不太適合。另外超濾膜上孔徑是平均孔徑，膜容易堵，對于有微小顆粒或者碎片的樣品，能先用較大孔徑的離心超濾管過濾一次，再進行下一步濃縮。