制備色譜儀操作流程也很重要，下面來講講具體的操作：

　　(1)分析色譜的目的，是分析出混合物中一個(或者幾個)純物質的含量。制備色譜的目的，是從混合物中得到純物質。

　　為了加快分離的時間與提高分離的效率，制備色譜的的進樣品量很大，導致制備色譜柱子的分離負荷的相應加大，也就必須加大色譜柱填料，增大制備色譜的直徑和長度，使用的相對多的流動相。

　　然而，當色譜柱上樣品負載加大的時候，往往導致柱效急劇下降而得不到純的產品。制備色譜，要解決容量與柱子效果之間的矛盾，對重現性也要考慮。從經濟上來說。制備色譜要爭取少用填料，少用溶劑，要盡可能多的得到產品。

　　(2)樣品的前處理：

　　制備色譜柱子由于處理的樣品多，比分析柱子更容易受污染，所以，必要的前處理就顯得非常的必要。萃取、過濾、結晶、固相萃取等簡單的分離方法，如果用得上，而且還不是很麻煩，就要盡可能多的采用以去掉雜質。

　　(3)固定相的選擇

　　硅膠、鍵合固定相(如C18)、離子交換樹脂、聚酰胺、氧化鋁、凝膠等都可以作為色譜柱的填料。有不少文獻報道，對填料可以進行一下處理提高了分離效果，如，對硅膠進行的硝酸銀(或緩沖液)處理。

　　(4)裝柱方法的選擇根據固定相顆粒度和柱子的尺寸，采用不同的裝柱方法，往往裝填越好分離效果越好。裝柱效果跟填料的顆粒度關系很大，顆粒度的減少會導致裝柱的難度。一般來說，顆粒直徑小于20-30um的固定相采用濕法裝填。所謂“敲擊-裝填”技術適用于顆粒直徑大于25um的固定相。濕法的目的是迫使相對稀松的固定相懸漿以高速裝入色譜柱子，從而減少空隙的形成。然而，當柱直徑大于20mm，所加壓力為30-40bar時，高壓懸漿裝填技術就變得十分復雜。為將小顆粒固定相裝入更大得制備型色譜柱，可采用柱長壓縮技術。這種方法，先將固定相懸漿(或偶爾是干填充物)裝入柱中加壓，利用物理方法將其壓緊。壓緊的方法有兩種：徑向壓縮和軸向壓縮。濕法裝柱需要一定的設備，在柱子填完后，應用有柱效的測量，對柱效低的柱子應該重填。

　　(5)流動相的選擇

　　除了和分析色譜同樣的考慮外，在選用流動相時，要考慮色譜分離后面加有旋轉蒸發等二次分離操作。一般來說，不宜采用高毒性溶劑，對多元溶劑要盡可能的少用。

　　如果產品中含有大量溶劑，溶劑的純度也要考慮在其中。

　　(6)加樣的方法

　　可以采用以下方法之一進樣。-用注射器進樣-用旋轉閥進樣-通過六通閥進樣-通過主泵進樣-通過輔泵進樣-固體上樣

　　(7)泵的選用

　　生產制備色譜泵的廠商很多。根據有無脈沖、能承受的Z大壓力、控制的精度、售后服務等來選擇泵。

　　(8)檢測器的選用

　　一般的分析池的Z大允許流速僅為5mL/min或者10mL/min。而專門的制備池的Z大允許流速可為150mL/min。有時，采用旁路分離管，將少量流體導入分析池進行檢測，是一個不錯的辦法，但其濃度的誤差會相對較大。

　　(9)組分保留時間的估計

　　用分析柱子在同等色譜條件下(同樣的固定相和流動相)測定保留時間后，按照單一組分的線流速(不是體積流速)一定，通過計算可以知道組分的大致保留時間區域。

　　分析譜圖的峰形狀，對確定保留時間也有很大的參考價值。

　　(10)產品的收集

　　手工餾分收集費時費力，自動餾分收集器有很大的方便。許多實驗室和工廠都采用了餾分收集器。

　　(11)超載、邊緣切割、ZX切割、放大技術與非線性效用

　　在制備色譜中，因為沒有必要達到分析色譜那樣的分離度，可以在一定范圍內大大加大進樣的濃度和體積。在做分離的時候，也有一些分析色譜的時候，不能用到的技巧。因為篇幅關系，不在這里敘述。

　　(12)柱轉換技術

　　通過接頭或者閥門，實現柱子的簡單延長，或者比較方便地實現對其中一個(或幾個)組分的精制。