1.反相高效液相色譜柱在進行安裝拆卸以及更換時，對接口處要擰緊但動作要輕，力量要適度，盡可能防止較強的機械振動，以避免安裝等步驟出現機床空隙。
2.溫度和壓力的突然變化和機械震動會影響反向高效液相色譜柱的填充狀況，因此要控制好溫度以及壓力的變化，在進行操作時，對流速的調節也應緩慢進行。
3.在逐漸改變溶劑的組成時，建議不要直接從有機溶劑改編為全部是水，同理也不建議從水直接全部變為有機溶劑。
4.在對反相高效液相色譜柱的柱內溫度進行控制時，應注意柱內是否有流動相，在柱內通入流動相后再進行升溫能避免對色譜柱的損壞。
5.對于柱內的雜質，一般得針對所使用的反相高效液相色譜柱是否能進行反沖，只有生產標明該款反相高效液相色譜柱能進行反沖時才能反沖除去留在柱頭的雜質，否則反沖會使柱效降低。
6.對于流動相的選擇也應考慮到固定相的性質，選擇合適的流動相，以避免固定相被破壞。
7.對基質較復雜的樣品要進行預處理或在反相高效液相色譜柱中連接保護柱以避免反相高效液相色譜柱。
8.對于不同性質的樣品，如果條件允許，建議對每一類分析配置專用的反相高效液相色譜柱。
9.在反相高效液相色譜柱使用過程中，如果壓力升高，要及時處理解決。
10.在使用完反相高效液相色譜柱后，應對色譜分析系統進行沖洗除雜過程。
11.在對反相高效液相色譜柱進行保存時，應將色譜柱進行密封并在柱內充滿乙腈或甲醇，防止溶劑揮發干燥。
在使用反相高效液相色譜柱的過程中，操作是否得當，維護是否到位會直接影響色譜柱的使用壽命和效果，因此了解反相高效液相色譜柱使用與維護的注意事項十分重要。
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