高效液相色譜柱由柱管、壓帽、卡套（密封環）、篩板（濾片）、接頭、螺絲等組成。柱管多用不銹鋼制成，壓力不高時，也可采用厚壁玻璃或石英管，管內壁要求有很高的光潔度。為提高柱效，減小管壁效應，不銹鋼柱內壁多經過拋光。還有使用熔融硅或玻璃襯里的，用于細管柱。色譜柱兩端的柱接頭內裝有篩板，取決于填料粒度，目的是防止填料漏出。
高效液相色譜柱是消耗品，會隨使用時間或進樣的次數增加，出現色譜峰高降低，峰寬加大或出現肩峰，柱效下降，需要定期進行*清洗和再生。
1、反相柱
分別用甲醇：水＝90：10、純甲醇、二氯甲烷等溶劑著流動相，依次沖洗，每種流動相流經色譜柱不少于20倍的色譜柱體積。然后再以相反的次序沖洗。
2、正相柱
分別用正己烷、異丙醇、二氯甲烷、甲醇等溶劑做流動相，順次沖洗，每種流動相流經色譜柱不少于20倍的柱體積（異丙醇粘度大，可降低流速，避免壓力過高）。注意使用溶劑的次序不要顛倒，用甲醇沖洗完后，再以相反的次序沖洗至正己烷。所有的流動相必須嚴格脫水。
3、離子交換柱
長時間在緩沖溶液中使用和進樣，將導致色譜柱離子交換能力下降，。用稀酸緩沖溶液沖洗可以使陽離子柱再生，反之，用稀堿緩沖溶液沖洗可以使陰離子柱再生。
還可以選擇能溶解柱內污染物的溶劑為流動相做正方向和反方向沖洗。但再生后的色譜柱柱效是不可能恢復到新柱的水平的。
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