磷酸、醋酸以及液相分析中常用到的酸（常見的還比如甲酸，三氟yi酸等），他們的主要區別和選擇在于：
各自的酸性不同
磷酸的酸性比醋酸強，就是說，磷酸可以把流動相的pH值調到更低。
紫外本底
有些酸有紫外本底，如甲酸，乙酸；有些沒有，如磷酸。這樣，在使用較低波長檢測的方法時，就要考慮使用紫外本底小的酸。冰醋酸在短波長檢測下應該慎用。
揮發性
有些酸是揮發性酸，如甲酸，乙酸，三氟yi酸等；有些不揮發，如磷酸。使用不揮發酸，流動相的pH相對穩定，而揮發性酸可能隨時間造成流動相pH緩慢改變。但是，不揮發酸的不揮發性，限制了它們在液質聯用時候的使用。
離子強度
酸的離子強度不同，離子強度在很多情況下影響被分析物的解離和性質，造成保留和峰型的改變，通常離子強度為： 三氟yi酸>磷酸＞甲酸>乙酸。離子強度很高的酸，通常會對液質聯用產生強烈的抑制，如三氟yi酸，幾乎可以讓負模式掃描信號全部被抑制。
實例：甘草酸銨含量測定液相色譜分析，結構式：
方案一
使用初始方法濃度36.5%醋酸進行柱子篩選：
1）條件為：甲醇：醋酸：水=78：0.3：22，柱溫30，流速1mL/min，
Ultimate® LP-C18 (4.6*250mm，5μm)，效果圖：
分析：此條件下基本分離，但雜質靠近主峰。
2）改變流動相比例為甲醇：醋酸：水=75：0.3：25，柱溫30，流速1mL/min，Ultimate® LP-C18（4.6*250mm，5μm)，效果圖：
分析: 主峰包含雜質峰，分離度降低。
3）保持原流動相比例，改變柱溫為25度，效果圖：
分析：此條件下分離度>1.5，雜質距離主峰較遠。
4）使用同款色譜柱重現，效果圖：
分析：柱間分離情況及保留時間有差異。
方案二
1）使用濃度99.5%的冰醋酸，條件為：甲醇：冰醋酸：水=78：0.3：22，柱溫40，流速1mL/min，篩選zui 優柱子月旭Topsil® C18（4.6*250mm, 5μm），效果圖：
分析：此條件下分離度仍不夠。
2）改變流動相比例為甲醇：冰醋酸：水=72：0.3：28，柱溫40，流速1mL/min，Topsil® C18（4.6*250mm，5μm），效果圖：
3）改變柱溫為30，流動相比例為甲醇：冰醋酸：水=72：0.3：28，流速1mL/min，Topsil® C18（4.6*250mm，5μm），效果圖：
分析：分離度>1.5，達到要求。
4）多針重現，效果圖：
分析：保留時間較小差異，分離度良好。
結論：使用36.5%醋酸的流動相體系時，在合格的色譜柱條件下，選擇4支重現，保留時間差異大。可從以下角度分析：
1）該物質本身就是一個兩性離子，有弱酸和弱堿離子，在此條件下，流動相本身的緩沖作用很有限。
2）流動相的pH在4-5之間，這時候在反相C18中硅羥基的解離狀態是zui活躍的時候（硅羥基的pKa在4.2至4.5之間），物質對填料狀態以及柱子之間的差異很敏感，體現在用不同支的色譜柱差異大。在檢測甘草及其制品中的該物質時，均出現過這樣的現象。
3）醋酸屬揮發性酸，在使用36.5%乙酸和99.5%冰乙酸時，等量的變化在兩種流動相體系中的影響程度不同，引起色譜結果差異性不同。
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