電動顯微鏡在蛋白質晶體結構解析中雖有一定應用潛力，但也面臨諸多挑戰：

　　樣品制備與穩定性：蛋白質晶體在電動顯微鏡觀察中需保持天然含水環境，但電動顯微鏡的高真空條件難以直接維持這一狀態。傳統負染技術雖可用于樣品制備，但分辨率較低，無法準確反映蛋白質分子的精細結構。此外，蛋白質晶體在電子束照射下易受輻射損傷，導致結構信息丟失。

　　分辨率限制：盡管電動顯微鏡技術不斷進步，但在解析蛋白質晶體結構時，其分辨率仍難以達到X射線晶體學或核磁共振波譜學的水平。特別是對于小型蛋白質晶體或結構復雜的蛋白質復合物，電動顯微鏡可能無法提供足夠的結構細節。

　　數據處理與分析難度：電動顯微鏡產生的圖像數據量大且復雜，需要先進的圖像處理和分析算法來提取有用的結構信息。然而，目前針對蛋白質晶體結構的電動顯微鏡圖像處理算法仍不夠成熟，難以準確分離和識別蛋白質分子的不同構象狀態。

　　技術整合與互補性：電動顯微鏡在蛋白質晶體結構解析中通常需要與其他技術（如X射線晶體學、核磁共振波譜學）相結合，以提供更全面的結構信息。然而，不同技術之間的數據整合和互補性仍是一個挑戰，需要開發更有效的算法和工具來實現。