從原理上來講，離子色譜可分為離子交換色譜、離子對色譜和離子排斥色譜。

1、離子色譜分離：離子色譜儀分離主要是應用離子交換的原理，采用低交換容量的離子交換樹脂來分離離子，它在離子色譜中應用較廣泛，其主要填料類型為有機離子交換樹脂。

2、離子對色譜：離子對色譜儀的固定相為疏水型的中性填料，用于陰離子分離的對離子是烷基胺類，如氫氧化四丁基銨、氫氧化十六烷基*烷等。用于陽離子分離的對離子是烷基磺酸類，如己烷磺酸鈉、庚烷磺酸鈉等。

3、離子排斥色譜：離子排斥色譜，主要根據Donnon膜排斥效應：電離組分受排斥不被保存，而弱酸則有一定保存的原理制成。離子排斥色譜主要用于分離有機酸以及無機含氧酸根，如硼酸根、碳酸根和硫酸根、有機酸等。

離子色譜儀主要是利用離子交換來進行分離的，其主要是用于環境樣品的分析和檢測，如：地面水、雨水、生活污水和工業廢水等，通過利用離子色譜儀，能夠的檢測出樣品中的陰、陽離子，從而對數據進行分析，來了解樣品中是否含有危害人們身體健康的物質。同時，隨著經濟和技術的不斷，離子色譜儀也開始應用于微電子工業廢水和試劑雜質的檢測和分析，為電子產品的質量把關，也作為高新的技術手段，受到許多廠家的青睞。