離子色譜的分離機理主要是離子交換，有3種分離方式：離子交換色譜（HPIC）、離子排斥色譜（HPIEC）和離子對色譜（MPIC）。用于3種分離方式的柱填料的樹脂骨架基本都是苯乙烯-二乙烯基苯的共聚物，但樹脂的離子交換功能基和容量各不相同。HPIC用低容量的離子交換樹脂，離子色譜用高容量的樹脂，MPIC用不含離子交換基團的多孔樹脂。離子對色譜的主要分離機理是吸附與分配。固定相常用的低極性的十八烷基或八烷基鍵合硅膠。通過在流動相中加入一種與溶質離子帶相反電荷的離子對試劑，使之與溶質離子形成中性的疏水性化合物。離子色譜基本上可采用通常的反相液相色譜的分離體系。
　　
　　離子色譜的分析原理決定了它的淋洗液一般是酸、堿、鹽或絡合物的水溶液，因此整個輸液系統必須耐酸、堿，在整個流路系統中必須考慮使用非金屬材料，這就是與液相色譜金屬輸液系統明顯的不同點。首先淋洗液儲液瓶，儲液瓶一般采用“HDPE”(中文名稱為高密度聚乙烯）材料組成，該瓶必須具有一定的耐壓防爆能力以及良好的耐化學藥品性。在色譜的流路系統中盡可能采用上述材料的儲液瓶，盡量少用玻璃瓶，基本上不使用聚氯乙烯材料制成的儲液瓶，因為聚氯乙烯塑料瓶在使用過程中會溶解出微量的C1-，特別在痕量分析過程中會干擾C1-的分析。離子色譜的檢測器分為兩大類，即電化學檢測器和光學檢測器。隨著色譜的廣泛應用，色譜的檢測技術已由單一的化學抑制型電導法發展為包括電化學光化學和與其他多種分析儀器聯用的方法。
　　
　　離子色譜的優點
　　
　　1、快速、方便：一般而言，IC分析一個樣品平均只需約10min。對幾種常見陰離子和陽離子的平均分析時間可小于8min。
　　
　　2、靈敏度高：離子色譜分析的濃度范圍為幾μg／L（1～10μg／L）至數百mg／L。直接進樣（25μL），電導檢測，對常見陰離子的檢出限小于10μg／L。
　　
　　3、選擇性好：IC法分析無機和有機陰、陽離子的選擇性可通過選擇恰當的分離方式、分離柱和檢測方法來達到。
　　
　　4、多離子同時分析：在20min左右時間內，實現10個以上離子的同時分離已是一件很容易的事。含量相差數百倍或上千倍的不同離子也可一次進樣同時定量。
　　
　　5、分離柱的穩定性好：IC柱填料的高pH值穩定性允許用強酸或強堿作淋洗液，有利于擴大應用范圍。