垂直流超凈工作臺和水平流超凈工作臺有不同的效果。超凈工作臺根據(jù)氣流的方向分為垂直流超凈工作臺和水平流超凈工作臺，垂直流工作臺風機在頂部，噪音較大，風垂直吹多用在醫(yī)藥工程，垂直流風保證人的身體健康;水平流工作臺噪音較小，風向往外，多用在電子行業(yè)。
兩者的區(qū)別在于水平送風的超凈工作臺沒有玻璃隔離，潔凈風直接吹到人的臉部和身上，如果有有害氣體直接傷害到操作者，所以水平送風的超凈工作臺一般用于電子、國防、精密儀器、儀表等行業(yè)。
1、水平層流超凈工作臺:是一種通用性較強的局部潔凈工作臺，它廣泛用于電子、國防、精密儀器、儀表、制藥行業(yè)等。
2、垂直層流超凈工作臺:垂直單向流超凈工作臺廣泛應用于需要局部潔凈的區(qū)域。實驗室、生物制藥、光電產(chǎn)業(yè)、微電子、硬盤制造等領域。
水平送風與垂直送風工作臺都能滿足實驗需要，所要考慮的就是氣流流型(根據(jù)實驗看哪種送風形式對實驗影響最小)。
一般都是用垂直的;垂直送風的也就是垂直向下吹，垂直流形，準閉合式臺面，可有效防止外部合流透入及操作異味對人體的刺激。如果在工作臺里放顯微鏡,那垂直送風的氣流會被顯微鏡阻擋，這種情況就要選擇水平風;但一般的實驗都用垂直的，玻璃門一般都是上下移動的。
總的來說，水平與垂直送風不存在明顯的優(yōu)劣之分，根據(jù)實驗要求選擇合適的類型。
