Parallel - seq 巧妙結合了組合條形碼標記與微液滴測序技術，實現 “微液滴過載" 策略，從而能夠高通量、低成本地在同一個單細胞中同步測量基因表達（scRNA - seq）和染色質可及性（scATAC - seq）1。其具體原理如下：
組合索引：通過對細胞進行組合條形碼標記，給每個細胞及其內的核酸分子加上標簽。這樣在后續的測序分析中，就可以根據這些標簽來區分不同細胞的基因表達和染色質可及性信息，實現對大量單細胞的同時分析，大大提高了通量。
微液滴過載技術：將帶有不同標簽的細胞和相應的試劑包裹在微液滴中。通常情況下，一個微液滴中會包含一個細胞以及用于裂解細胞、釋放核酸、進行標記和擴增等反應的試劑。通過這種方式，在微液滴內實現對單個細胞的基因表達和染色質可及性的同步檢測。“微液滴過載" 策略則是在一個微液滴中同時處理多個細胞，進一步提高了實驗效率，使得一次實驗可并行分析數十萬乃至百萬級細胞，同時降低了單個細胞的成本1。
測序與數據分析：對微液滴中標記和擴增后的核酸進行測序，得到基因表達和染色質可及性的數據。然后通過生物信息學方法對這些數據進行分析，根據細胞的標簽信息將不同細胞的數據分開，并分別對基因表達和染色質可及性進行分析，同時還能在單細胞水平上研究兩者之間的相互關系。
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