線性離子阱質譜儀的設計和操作與三重四極桿質譜儀有很大的不同。離子阱收集和儲存離子，然后對其進行質譜分析，而三重四分桿是在肽離子通過分析儀時對其進行質譜分析。該分析儀的設計非常簡單。來自離子源的離子被引導到離子阱中，離子阱由頂部和底部電極和中間的環形電極組成。這個陷阱本身只有葡萄柚那么大。陷阱中收集的離子通過直流和射頻電壓的組合保持在陷阱內的軌道上。
以少量氦作為“冷卻氣體”，以幫助控制離子的能量分布。在全掃描模式下，對電極上的射頻電壓進行分級或掃描，根據其m/z值順序噴射離子。
線性離子阱質譜儀的功能簡介：
1、可升級的電子轉移裂解模塊可以提供傳統裂解方法無法得到的蛋白質翻譯后修飾信息；
2、脈沖碰撞能量誘導解離功能可以提供低質量端碎片離子信息；
3、選擇MS/MS分析給譜圖在數據庫和譜庫檢索更好的匹配，提高了結構確證的可靠性。另外快速極性切換，母離子相關MS3數據關聯掃描，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進行智能、快速分析，還可以和回旋共振質譜組合成的質譜儀；
4、自動數據依賴性多級質譜采集技術不僅為用戶提供預測代謝物（母離子列表）結構信息，也能提供未預測到的代謝物結構信息。此外使用自動固定中性丟失數據依賴性掃描觸發三級質譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用MetworksTM和MassFrontier分析軟件增強復雜基質中代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更簡便。
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