至今，四極質(zhì)譜儀與其它質(zhì)譜儀相比較，仍然是應(yīng)用廣泛LC/APIMS儀器。單級四極質(zhì)譜儀的主要優(yōu)點是相對可靠、優(yōu)良的性能價格比。適合于定性、定量分析。四極質(zhì)譜儀主要缺點是得到的是低分辨質(zhì)譜，只有在測定的成分是純的且沒有化學(xué)背景雜質(zhì)與之重疊時，才有可能測定準(zhǔn)確質(zhì)量。

        用單級四極質(zhì)譜儀作定量分析采用選擇離子監(jiān)測(selected ion monito-ring, SIM). 檢測限取決于能否將目標(biāo)化合物與樣品中的其它成分(包括背景干擾)加以區(qū)別。雖然單級四極質(zhì)譜儀沒有MS/MS功能，但用源內(nèi)CID具有使離子誘導(dǎo)裂解的“準(zhǔn)MS/MS"功能。

       如果需要MS/MS功能以進行化合物結(jié)構(gòu)分析或用選擇反應(yīng)監(jiān)測(select-ed ion reaction monitoring, SRM) 以提高選擇性及定量分析檢測限，應(yīng)采用三重串聯(lián)四極質(zhì)譜儀(triple quadrupole mass spectrometer, TQMS)。 至今，用LC/ESIMS進行復(fù)雜成分的定量分析時，如藥物代謝動力學(xué)研究，TQMS仍然是的儀器。

      TQMS具有多種MS/MS功能，除上述產(chǎn)物離子掃描外，還有前體離子掃描和恒定中性丟失掃描。TQMS的CID是低能過程，能量在10~ 1eV范圍。因為低能CID對操作條件較敏感，故不同的儀器所得的產(chǎn)物離子質(zhì)譜的重現(xiàn)性較差。但是，與離子阱質(zhì)諧所得的產(chǎn)物離子光譜比較，較少發(fā)生重排和離子-分子反應(yīng)產(chǎn)生的(假象)。