全自動均質器一般采用304或316不銹鋼系統（大部分采用304），可以有效分離防護體樣品表面和其中所含微生物的均勻樣品。樣品包裝在一次性無菌均質袋中不與儀器接觸，具有均質溫和、無污染、無損傷、無溫升、無需清洗器皿等特點，滿足快速、準確、重復性好的要求。也適用于腫瘤組織的勻漿，可以獲得大量的單細胞。如有必要，可通過延長勻漿時間輕輕破碎組織細胞。
全自動均質器的工作原理是將原樣（大的需要切成10×10mm左右的塊），放入裝有一定液體或溶劑的均質袋中，通過無菌均質機的錘擊板反復錘擊樣品均質袋，產生壓力，引起振蕩，加速混合，使溶液中微生物成分分布均勻。存放原始樣品材料和溶劑的均質袋由特殊材料制成并經過無菌處理（已打開的均質袋用戶應再次處理以確保無菌），并通過均質器門的上緣、橫桿夾緊密封，避免在錘擊板錘擊過程中溶液溢出。均質機的拍板不斷地敲擊均質袋，產生的壓力可以將袋內的樣品壓碎并混合。均質速度可編程設置，每段可設置為3~12次/秒。每段均質時間可設置為1秒至100分鐘或連續運行，用戶可根據樣品和溶劑條件進行合理選擇。
全自動均質器的主要操作步驟如下：
1、準備好預處理好的樣品，放入無菌均質袋中；
2、打開均質機的門，關閉無菌均質袋的開口夾住時間（自動）；
3、設置拍打速度、拍打時間等程序；
4、開始自動工作；均質完成后，打開料倉門取出處理好的樣品。至此，工作完成。
