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哺乳動物細胞真核表達系統在表達過程中有翻譯后修飾和折疊的功能，這一特點使其蛋白更接近天然蛋白，具備天然蛋白必須的空間結構和修飾，與天然蛋白有相同的生物活性，哺乳動物細胞表達系統在功能蛋白、抗體生產、臨床疫苗的研發和生產中應用較為廣泛。
原核表達系統具有表達水平高、操作簡單、周期短、易于大規模高密度培養、成本低等優點，而對于全抗體和糖蛋白類生物藥物來說，表達產物多肽鏈的折疊、二硫鍵的形成、糖基化的有無以及糖基化的類型常常影響表達產物的合成分泌、生物活性、體內穩定性以及免疫原性等特性。由于原核細胞缺少內質網和高爾基體等可用于進行糖基化的結構和機制，所表達產物是非糖基化的，且常以包涵體的形式存在；
酵母、昆蟲及植物等真核細胞雖能進行糖基化，但其糖基化的方式與人類等哺乳動物細胞糖基化的方式是不一樣的。與其它真核細胞表達系統相比，目的基因在哺乳動物細胞中表達的蛋白與天然蛋白的結構、糖基化類型和方式幾乎相同且能正確組裝成多亞基蛋白，并且哺乳動物細胞能以懸浮培養或在無血清的培養基中達到高密度且培養體積能達到1000L以上。
總之，與其他系統相比，哺乳動物細胞表達系統的優勢在于能夠指導蛋白的正確折疊，提供復雜的N型糖基化和準確的O型糖基化等多種翻譯后加工功能，因而表達產物在分子結構、理化性質和生物學功能方面接近于天然的高等生物蛋白質分子。
