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重組蛋白真核表達采用原核表達系統進行研究，主要方法是將已克隆到目的基因DNA的片段的載體轉化到細菌中，通過IPTG誘導和終純化獲得所需的目的蛋白。其優點是可以在短時間內獲得基因表達產物，所需成本相對較低。
目前的表達系統各有利弊，但一般理想的表達系統滿足以下幾點：一是特異性，不受其他內源性因素影響，只能通過外源性無毒物激活。二是不干擾，不干擾細胞通路。以及誘導劑的誘導性、生物利用度、可塑性和劑量依賴性。
因此，在選擇表達系統時，必須充分考慮各種因素，如蛋白質性質、實驗條件、生產成本、表達水平和安全性。權衡利弊后，選擇相應的表達系統。
原核表達系統與重組蛋白真核表達系統的區別：
1.根本的區別是，原核表達系統的表達系統是原核細胞；真核表達系統在真核細胞如酵母細胞、昆蟲細胞和哺乳動物細胞中表達。
2.兩種表達系統都通過含有原核或真核啟動子和其他表達相關元件的質粒系統表達外源基因。
3.與真核表達系統相比，原核表達系統的表達效率易于優化和調整，表達量高。然而，當用于表達真核外源基因時，由于不同的蛋白質折疊和糖鏈修飾，其應用受到限制。真核表達系統的表達量相對較低。雖然酵母和昆蟲系統的表達量相對較高，但哺乳動物基因的表達也存在不足。
