在許多溫室生產過程中，土壤被薄膜覆蓋，得不到陽光和雨水。由于植物結構單一，容易造成土壤養分失衡，影響植物的產量和質量。這是目前溫室種植面臨和需要解決的問題。利用肥料養分檢測儀可以對溫室土壤養分進行分析。研究發現，在相同施肥量下，溫室生產的表土含鹽量是露地生產的4倍。由于溫室生產中施用的肥料不會因雨水淋溶而流失，所以除了很少一部分被當季作物吸收外，所有未使用的養分都留在土壤中。
因此，在相同施肥量的條件下，土壤溶液的濃度遠遠高于露地栽培，由于毛細作用，土壤水分向上移動，導致表土中鹽分濃度升高，導致溫室產生的土壤鹽堿化。蔬菜等園藝作物種植在含鹽量高的土壤中時，由于土壤溶液滲透壓高，作物根系難以吸收土壤水分和養分，影響作物的正常生長。嚴重的話，秧苗會燒死。通過對土壤肥料養分的檢測和分析，還發現溫室產生的土壤酸度逐漸增加。特別是連續多年進行的溫室生產，土壤中殘留的氮素在微生物的作用下以硝酸的形式積累。實踐表明，經過多年連續施用硫酸肥、氯化肥等生理酸性肥料，土壤酸化迅速，PH值明顯下降，對蔬菜等園藝作物的栽培構成土壤障礙。溫室種植有機肥是纖維素含量高，即碳氮比高的有機肥。
當化肥用作基肥時，應進行深施。將化肥和有機肥混合施于地表，然后進行翻耕，使大部分肥料施于表土以下，避免表土含鹽量過度增加。追肥一般難以深施，應嚴格控制用量，增加追肥次數，以滿足蔬菜的營養需求。此外，配合土壤肥料測定儀的測定進行施肥。