醫藥工業潔凈室與其他工業潔凈室有所不同，特別是無菌生產，不僅要控制空氣中一般的懸浮狀態的氣溶膠粒子，還要控制活微生物數，即提供所謂的“無菌"環境(無菌室)。另一方面，不能認為進入潔凈室的空氣無菌了，室內各種表面就不沾污細菌了。如果這些地方有營養源，細菌繁殖的可能性就存在。在潔凈室中人體是主要菌源之一，不僅皮膚帶有細菌(其中約 l％為病原性的)，人通過呼吸、講話也會散布細菌，所以在潔凈室中除了戴口罩外，制藥廠潔凈室消毒和滅菌也很重要。
按理說，在空氣凈化系統中，經高效過濾器過濾的空氣，可以使房間的微生物數控制在規定的范圍內。其實不然，實際生產時由于機器的運 行、人員的進出，建筑物的表面均會產生塵粒，從而滋生細菌并極易再吹落，所以人員的污染是細菌的主要來源，一個人每小時約散發 1000 只死皮細胞(等價于 20／μm 大小的粒子)，因此潔凈室的室內建筑材料、設備等應能經受藥物的消毒滅菌處理，潔凈服的衣料要選用不產生靜電或經防靜電處理的材料，潔凈服裝的洗滌、晾干、包裝必須在潔凈環境中進行，無塵服要經高溫消毒滅菌，人員、設備、儀器進人無菌室應作嚴格的消毒滅菌處理(人手需用消毒液浸泡或噴灑)，需定期進行室內消毒滅菌操作。
各國 GMP 均對潔凈室中空氣浮游菌及表面細菌有嚴格的規定，如美國藥典(1991 年 10 月)建議潔凈環境中的細菌允許值如 所示。
注：1CFU/in2 =1550CFU/m2 。
藥品生產時由于在潔凈室的地面、墻面、頂棚、機器、人體及衣服表面可能有活微生物粒子存在，當溫度、濕度合適時，細菌即在這些表面繁殖，并不時被氣流吹散到室內，因此潔凈室(特別是無菌室)一般不安排三班生產，每天必須有足夠時間用于清潔、消毒。
抗微生物劑是一種用來抑制微生物繁殖或消滅微生物的試劑的總稱，它包括：(1)消毒劑 能消除以細胞繁殖形態出現的微生物污染的化學試劑；
(2) 滅菌劑 殺滅在無生命環境內的所有微生物生命形態的化學試劑；
(3) 除菌劑 用來消滅在無生命物體上的病原體的抗菌劑；
(4) 殺菌劑 可按具體作用分類：殺細菌的稱為殺細菌劑；殺霉菌的則稱之為殺霉菌劑；殺病毒的則稱為殺病毒劑；殺孢子的則稱之為殺孢子劑；
(5) 抑菌劑 僅是抑制微生物生長的化學試劑。
從上面可以看出滅菌和消毒是不可互換的術語，消毒劑在定義上也并不意味著是滅菌劑。
消毒是指消滅自繁殖形態的細胞的活微生物的污染，但它不保證滅菌。
(二)消毒劑的選擇
制藥廠潔凈室消毒 在選擇一種消毒劑時，要了解消毒劑的性質，但同時又應認識到沒有一種消毒劑是理想的。
細菌學家建議理想的消毒劑應該具備以下特征：
①能廣譜地殺滅微生物；
②對人體無毒；
③無腐蝕性，對設備無污染；
④具有洗滌劑作用；
⑤具有穩定性；
⑥作用迅速；
⑦不因有機物的存在而失去活性；
⑧產生所期望的后效作用；
⑨廉價。
各種試劑都有其特點點和局限性，應選擇一種試劑或幾種試劑結合使用，以低成本獲得大的效果。也可以采用配比好的復合消毒劑，比如：復合醇消毒劑、復合季銨鹽類消毒液等。
(三) 制藥廠潔凈室的常用的消毒和滅菌方法
1．干熱法
是在干燥空氣中加熱處理的方法，基于高熱作用下的氧化作用破壞微生物的原理，一般需要的溫度高達 160℃以上，時間長達 l～2h。
2．濕熱法
是用高溫濕蒸汽(通常為飽和蒸汽)的滅菌方法，基于濕熱作用下使細菌細胞內蛋白質凝固的原理，一般需要的溫度比干熱法低，時間也短，例如 121℃、12min 或 134℃、2min。
3．藥物法是用某種氣體或藥劑進行熏蒸或擦洗，其效果與藥物種類及細菌對其敏感程度有關。一些藥物對一些材料有吸附侵蝕作用。例如常用的氧化乙烯，是一種很好的滅菌劑，雖不能浸透固體，但可被塑料、橡皮之類吸收，這就需要根據潔凈室的使用對象選用合適的材料。但不要長期使用一種消毒劑，應定期更換，以防止耐藥菌株的產生。
4．電磁輻射法基于破壞細菌的蛋白質、核酸(脫氧核糖核酸，即 DNA)以及被吸收后的熱效應等原理。紫外線滅菌就是這種滅菌方法之一。
5．紫外線消毒在其他消毒方法未使用之前，是一個不可代替的的消毒方法，為藥品生產企業普遍采用，主要用在潔凈工作臺、層流罩、物流傳遞窗、風淋室乃至整個潔凈房間的消毒。紫外燈的殺菌力取決于紫外線的波長，短波具有殺菌力，長波可能對人體有害，所以它的使用受到限制。紫外線波長為 136～390nm，消毒用的紫外燈應限制在短波的波長范圍內，以253.7nm的殺菌力MAX強，但由于制造廠測定波長比較困難，故發展不快。
據國外研究數據表明，紫外線滅菌仍有廣闊的前景，具有安裝方便、無耐藥菌株產生等特點，關鍵是解決短波的測定問題。還有一種方法是采用氣相循環消毒滅菌。如果能讓空氣有組織地循環流過紫外燈的有效照射區，既增加了紫外線對空氣的照射時間，而又設法不讓紫外線外泄傷人，并且不產生臭氧，因此紫外線對于空氣的消毒作用就提高了。
6．臭氧消毒
臭氧(O3)的消毒原理是：臭氧在常溫、常壓下分子結構不穩定，很快自行分解成氧 (O2)和單個氧原子(O)，后者具有較強的活性，對細菌有較強的氧化作用，可氧化分解細菌內部氧化葡萄糖所必需的酶，從而破壞其細胞膜，將它殺死。多余的氧原子則會自行重新結合成為普遍氧分子(O2)，不存在任何有害殘留物，故稱無污染消毒劑。臭氧不但對各種細菌(包括肝炎病毒、大腸桿菌、綠膿桿菌及雜菌)有較強的殺滅能力，而且對殺死霉菌也很有效。生產臭氧的原料主要是空氣和電能，一般通過高頻臭氧發生器(電子消毒器)來獲得。消毒時直接將臭氧發生器置于房間中即可。空氣中使用臭氧消毒的濃度很低，只有百萬分之幾，可根據房間體積及臭氧發生器的臭氧產量來計算。
7．氣體消毒
對環境空氣滅菌的傳統做法是采用某種消毒液，在一定條件下讓其蒸發產生氣體來熏蒸。常用消毒液有甲醛、環氧乙烷、過氧乙酸、石炭酸和乳酸的混合液等。
8．消毒劑消毒
潔凈室的墻面、天花板、門、窗、機器設備、儀器、操作臺、車、桌、椅等表面以及人體雙手(手套)，在環境驗證及日常生產時應定期清潔并用消毒劑噴灑。制藥車間常用的消毒劑有70%異丙醇消毒液、75%乙醇消毒液、復合醇消毒液、6%過氧化氫消毒水、復方季銨鹽消毒液、Glutaraldehyde、潔爾滅等。
我國藥廠無菌室消毒傳統的方法是采用甲醛熏蒸。但是甲醛對人體有一定的危害，現普遍采用戊二醛(Glutaraldehyde)噴灑，其方法是將戊二醛放在帶有時間控制的自動噴霧器中，在下班后或周末，無菌室內無人時自動噴灑，其噴灑量可以調節，時間可以設定，在噴灑期間空調系統應停止工作。
蘇州阿爾法生物的季銨化合物消毒劑、過氧乙酸消毒劑、過氧化氫消毒劑、生物消毒劑、殺菌劑、核酸清除劑 、醇類消毒劑、復合醇消毒劑、季銨鹽類消毒液等廣泛應用于分子生物學實驗室、細胞實驗室、GMP生產車間、制藥車間、微生物實驗室、食品檢驗實驗室、生物安全實驗室、制藥廠GMP車間、傳染病房、潔凈車間；化妝品、保健品凈化車間；食品、飲料行業(包括CIP滅菌清洗)；電子產品、半導體、光電子、精密制造、生物工程、航天航空等行業等場所的定期消毒滅菌。
