革命性靶向RNA-seq技術(shù)助力高效融合基因檢測

隨著癌癥研究的不斷深入，融合基因被認(rèn)為是癌癥發(fā)生的主要原因之一。而快速準(zhǔn)確地對融合基因進(jìn)行檢測，則能夠指導(dǎo)醫(yī)學(xué)的研究方案選擇。然而，目前存在的分子檢測方法在分辨率和通量方面受到一定的限制。而靶向RNA-seq技術(shù)，通過使用生物素化寡核苷酸探針來富集目標(biāo)RNA轉(zhuǎn)錄本，能夠克服這些限制，實(shí)現(xiàn)對融合基因的敏感檢測。

傳統(tǒng)的融合基因檢測方法主要包括Fluorescence in situ hybridization（FISH）和實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)（RT-PCR）。然而，這些方法只能檢測單個(gè)融合基因，無法識(shí)別新的融合基因伴侶或解析復(fù)雜的結(jié)構(gòu)重組。而靶向RNA-seq技術(shù)可以克服這些限制，其敏感度高，能夠檢測到罕見或較低表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本。

靶向RNA-seq的優(yōu)勢在于能夠在一個(gè)實(shí)驗(yàn)中靶向捕獲數(shù)百個(gè)基因，大大提高了融合基因的檢測率。通過對多個(gè)細(xì)胞系進(jìn)行檢測分析，該技術(shù)在檢測融合基因方面表現(xiàn)出更強(qiáng)的優(yōu)勢。例如，在肺癌患者的腫瘤組織中，靶向RNA-seq不僅確認(rèn)了ROS1和ALK的重組現(xiàn)象，還確定了其伴侶基因和融合連接位點(diǎn)。這不僅提高了融合基因的檢測率，還與之前的檢測結(jié)果具有高度的一致性。

另外，靶向RNA-seq技術(shù)還應(yīng)用于其他疾病的融合基因檢測。在慢性髓性白血病者中，靶向RNA-seq確定了與imatinib研究反應(yīng)相關(guān)的BCR-ABL1異構(gòu)體。在前列腺癌者中，靶向RNA-seq識(shí)別到了多個(gè)TMPRSS2-ERG融合異構(gòu)體，并發(fā)現(xiàn)這些融合異構(gòu)體具有多樣的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)。此外，靶向RNA-seq還可以用于統(tǒng)計(jì)基因和外顯子的表達(dá)，通過讀深變化來識(shí)別融合連接位點(diǎn)，并發(fā)現(xiàn)融合基因的發(fā)生可能與基因表達(dá)相關(guān)。

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