非特異性擴增，即進行 PCR 所擴增出來的條帶不是所要的，引物與模板在非目的條帶處有錯配，導致延伸產物不是目的條帶。例如引物二聚體，即引物在退火過程中產生了 hairpin 結構或其他二級結構，或者引物在模板的某些位置非特異性地結合，也同樣會產生非特異性擴增。PCR 產物都是通過引物延伸產生的。當引物產生了二聚體或者非特異性擴增產物之后，引物本身就無法再延伸形成 PCR 產物了，這樣的情況下，非特異性擴增產物越是多，那目的產物就越是少。如果在 qPCR 過程中，就會在熔解曲線中形成雙峰。
消滅 PCR 非特異性擴增的方法：
１、引物設計的過程中要用 Primer premier 5.0 來驗證一下二聚體；
2、 引物合成后，先做一次梯度 PCR，檢測最合適的退火溫度，一般高退火溫度可以提高引 物對模板的特異性從而降低引物二聚體；
3、 降低 Mg2+濃度，鎂離子濃度高，會導致大量的非特異性擴增，但是沒有鎂離子的話，也會導致 Taq 酶的失活；
4、降低 dNTP 濃度，dNTP 也是非特異性擴增的一個罪魁禍首，降低它的濃度，也能有效降低二聚體及其他非特異性擴增；
5、降低引物濃度，一般的 PCR 引物都是過量的，降低了引物濃度自然也能降低引物之間形成二級結構的可能性；
6、提高退火溫度，這個道理很簡單，引物的退火溫度提高，引物間的二級結構形成可能性就會降低；
7、延長退火時間，這個也可以減弱引物間結合的可能性；
8、DMSO 及甜菜堿，這些 PCR 促進劑，主要是用于 CG 含量高的模板上，降低 DNA 的二級結構的產生，但根據經驗，加入 DMSO 之后需要同時提高一點退火溫度來補平（qPCR 不太適用）；
9、熱啟動法，通過 95℃的高溫熱啟動，高溫解鏈，使得引物間的二級結構破壞，以此降低二聚體產生。
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