微生物實驗室要不同于一般的實驗室工程或凈化工程。集菌儀主要應用于微生物學、生物醫學、生物化學、動物實驗、基因工程以及生物制品等研究使用的實驗室統稱為生物安全實驗室，一般由主體實驗室和輔助功能實驗室組成。生物安全實驗室保證人身安全、環境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長期而安全的運行，同時還為需要實驗室工作人員提供一個舒適，而良好的工作環境。微生物實驗室設計
 
　　微生物實驗室由準備室、滅菌室、無菌室、限度室、陽性對照室、恒溫培養室和觀察室組成。也根據具體實驗需求配有樣品室、洗滌室、血清學室、鑒定分析室及廢物處理室等。這些房間的共同特點是地板和墻壁的質地光滑堅硬，儀器和設備的陳設簡潔，便于打掃衛生。微生物實驗室基本構架
 
　　1、 準備室(前處理室)
 
　　主要用于配制培養基和樣品處理等。
 
　　配套設施：冰箱、電爐、藥品柜/試劑柜、存放器具或材料的專柜、加熱攪拌器、離心機等。
 
　　2、 洗滌室
 
　　準備室主要用于洗刷器皿等。集菌儀
 
　　配套設施：加熱器、蒸鍋、洗刷器皿的器具、器具柜等。
 
　　3、滅菌室
 
　　主要用于培養基的滅菌和各種器具器材的滅菌。
 
　　配套設施：高壓蒸汽滅菌器、烘箱等滅菌設施。4、無菌室(接種室)
 
　　主要用于系統接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。
 
　　基本建設：無菌室應設有內外兩間，內間是無菌室外間室緩沖室。房間容積不宜過大，以便于空氣滅菌。小內間面積2*2.5，外間面積1*2，高以2.5m2以下為宜。
 
　　配套設施：高溫滅菌爐、超聲波清洗器、高壓水槍、快速滅菌爐、生物安全柜
 
　　5、陽性對照室
 
　　主要用于做陽性對照實驗的接種、檢測方法及培養基或其他試劑的適用性驗證。
 
　　配套設施：生物安全柜、集菌儀/限度儀、過濾器、混合器
 
　　6、培養室
 
　　應設有內外兩間，內間為培養室、外室為緩沖室。房間容積不宜過大，以利于空氣滅菌，內室面積在3.2*4.4左右，外室在3.2*1.8左右，為滿足微生物對溫度的需求，需安裝恒溫恒濕機，內外室均應在中央安裝紫外線燈。
 
　　配套設施：培養架、搖床、各類培養箱
 
　　7、觀察室
 
　　主要用于對微生物的觀察、計數和生理生化的測定。
 
　　根據實驗需求普通實驗室配制不同，一般均配備實驗臺、顯微鏡、試劑柜