微波化學污水處理技術的基礎是“性分子理論"。外加微波場可使這些性分子因趨向作用而發生頻率高的振蕩運動，消耗能量而發熱。在微波場中物質的吸波與否和吸波強弱，與該物質的電性質有關。
實驗證明，在單位體積的物質內被吸收的微波功率Pa，與電場強度E、物質的損耗角正切tgδ和頻率f成正比關系。物質在微波場中吸收的微波能轉化為熱能，所以Pa即為單位時間內在單位體積物質中產生的能量。與該物質的介電常數、介電損耗相關的量，而物質的介電常數、介電損耗又與該物質當時的其它多種因素相關。
一、消解罐在腔體內擺放不均勻。
微波消解儀微波在腔體內是均勻分布的，但是微波有穿透厚度，如果出現主控罐周圍有兩個消解罐包圍的話，腔體本身有六個反射面，有兩個反射面過來的微波被它周圍的兩個消解罐吸收了，主控罐吸收微波的功率就降低了1/3。
二、消解罐內溶劑不一致。
因為每種酸、每種溶劑對微波的吸收效率不一樣，在同樣條件下，有的溶劑吸收微波的效率很高，導致在消解過程中跟主控罐溫度不一致，如果高于主控罐，就會產生瀉壓。比如主控用的是硝酸，空白里面有一個蒸餾水，這樣，蒸餾水吸收微波的效率就很高，在同樣的條件下，主控可能在170度的時候，蒸餾水的溫度就已經過260度了。
三、微波消解系統采用內置的Pt100鉑電阻進行的測溫控制，實時監控高達300℃的溫度，溫控精度：±0.5℃。性能穩定，耐用微波消解系統采用直接接觸式壓力測量方式，壓力反映真實、準確，實時監控達900psi，控制精度：0.01MPa。
第四、國產微波消解系統同批次多同時處理10個樣品。
第五、安全膜片保護壓力分別為中壓200psi，高壓400psi。
第六、微波消解系統通過PID控制改變微波頻率來調整不同的輸出功率，提高電源部分的效率，減少了待機時的耗量，比傳統微波爐節電20%以上。另外，變頻技術的引進也減小了儀器的工作噪音。