分析色譜與制備色譜的根本區(qū)別在于分離目的不同。分析色譜，反映的是樣品的組成，追求的是高效分離和高靈敏度，不需要收集特定的餾分，洗脫液通常作為廢液來處理。但在制備色譜中，為了節(jié)省投資和操作費用，必須以最少的時間生產(chǎn)最大量的產(chǎn)品。由于目的不同，制備色譜與分析色譜所選用的操作參數(shù)，包括色譜柱尺寸、填料、流量、操作壓力、進樣量、產(chǎn)品純度、產(chǎn)品回收率、色譜分離效果等的優(yōu)化上有較大的差別。前者要求進樣量越小越好，而后者為了提高制備量，柱子必須超載。柱子的超載方式有兩種，一種是 “質量超載”，即維持較小的進樣體積，提高進樣濃度；另一種是 “體積超載”，即保持較小的進樣濃度，增加進樣體積。在制備色譜中，一般認為采用質量超載的方式較好。在制備色譜分離過程中，分離度和柱效均隨著質量超載程度的增加而下降。但是，在分離度可以滿足要求的前提下，采用質量超載的方式操作，可以提高制備量。
目前，主要通過線性放大的原理優(yōu)化從分析到制備過程的操作參數(shù)。通常假設分析色譜系統(tǒng)和制備色譜系統(tǒng)的化學性質、傳質過程都保持不變，分析型液相色譜的進樣量、流量、收集體積等乘以線性放大系數(shù)便可得制備型液相色譜的相應參數(shù)。線性放大系數(shù)即為制備色譜柱和分析色譜柱的截面積之比與柱長之比的乘積。
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