氨基酸分析儀采用經典的陽離子交換色譜分離、茚三酮柱后衍生法，對蛋白質水解液及各種游離氨基酸的組分含量進行分析。儀器基本結構同普通HPLC相似，但針對氨基酸分析進行了細節優化（例如氮氣保護、惰性管路、在線脫氣、洗脫梯度及柱溫梯度控制等等）。廣泛應用于醫學、農業、食品、醫藥、飼料、化妝品等與人類生活和健康密切相關的幾大行業。

　　⒈食品方面

　　⑴以動物蛋白質為主體的分析，如魚肉、豬肉、牛肉、奶粉、雞蛋等。

　　⑵調味品和添加劑的分析，如谷氨酸鈉、賴氨酸、蛋氨酸等。

　　⑶各種氨基酸分析，如花粉、水果、啤酒、果酒、蘑菇、各種蔬菜、營養口服液等。

　　⒉農業方面

　　⑴作物種子如水稻、小麥、大麥、蕎麥、大豆、豌豆、玉米、薯類、花生等種子蛋白質的氨基酸分析。

　　⑵作物生長過程中植株各部位氨基酸含量的分析。

　　⑶新品種選育過程中氨基酸的分析。

　　⒊飼料工業方面

　　⑴各種植物性飼料氨基酸分析，如植物種子、節桿、油餅、糠麩、糟粕、野生植物、牧草等。

　　⑵各種動物性飼料，如魚粉、肉粉、骨粉、血粉、羽毛粉、蠶蛹、酵母粉、動物角、蹄、毛發、內臟、廢蠶絲等。

　　⑶各種配合飼料配方的研制和飼料添加劑等氨基酸分析。