在這部分工作中，我們采用了高 pH 反相色譜結合二氧化鈦富集以及二氧化鈦富集結合強陽離子交換分級兩條技術路線來對實現對 Hela 細胞的磷酸化蛋白質組的深度覆蓋。zui終我們的實驗一共鑒定到了 8,696 個蛋白質上的近 40,000 個磷酸化位點。
  在二氧化鈦富集結合強陽離子交換分級的技術路線中，SCX 分級的梯度還值得進一步優化，對于這種組分較少的預分級方法，階梯洗脫會是一個更好的選擇。這種大規模的磷酸化肽段富集方法對樣品的起始量要求比較高，如果樣品較少的話，建議采用二氧化鈦富集結合強陽離子交換的策略，一般 2 mg 起始蛋白就能得到較多的磷酸化位點鑒定。ThermoFisher也提供了商業化的 IMAC 試劑盒（Cat # 88300），鑒于 IMAC 和 TiO2 對磷酸化肽段富集有著較好的互補性，這兩者聯用會對磷酸化蛋白質組的深度覆蓋達到更好的效果。