離子阱質譜儀是利用離子阱作為分析器的質譜儀，由一個雙曲面截面的環形電極和上下一對端電極構成。它是由環行電極和上、下兩個端蓋電極構成的三維四極場。原理：將離子儲存在阱里，然后改變電場按不同質荷比將離子推出阱外進行檢測。

 

　　賽默飛離子阱質譜是利用高電場使質譜進樣端的毛細管柱流出的液滴帶電，在氮氣氣流的作用下，液滴溶劑蒸發，表面積縮小，表面電荷密度不斷增加，直至產生的庫侖力與液滴表面張力達到雷利極限，液滴爆裂為帶電的子液滴，這一過程不斷重復使最終的液滴非常細小呈噴霧狀，這時液滴表面的電場非常強大，使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進入質量分析器。離子阱質譜從液相中產生離子，一般說來，肽段的混合物經過液相色譜分離后，經過偶聯的與在線連接的離子阱質譜分析，給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時間一般較長。

 

　　離子阱質譜儀簡介：

　　1、可升級的電子轉移裂解（ETD）模塊可以提供傳統裂解方法無法得到的蛋白質翻譯后修飾信息；

　　2、脈沖碰撞能量誘導解離（PQD）功能可以提供低質量端碎片離子信息；

　　3、高選擇MS/MS分析給譜圖在數據庫和譜庫檢索更好的匹配，提高了結構確證的可靠性。另外快速極性切換，母離子相關MS3數據關聯掃描，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進行智能、快速分析，還可以和的回旋共振質譜組合成多級高分辨雜交質譜儀；

　　4、自動數據依賴性多級質譜采集技術不僅為用戶提供預測代謝物（母離子列表）結構信息，也能提供未預測到的代謝物結構信息。此外使用自動固定中性丟失數據依賴性（CNL）掃描觸發三級質譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用MetworksTM 和Mass Frontier分析軟件增強復雜基質中代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更簡便。