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目前關于凝膠滲透色譜的分離機理存在著以下幾種基本理論：
1.立體排斥理論；
2.有限擴散理論；
3.流動分離理論。
除上述理論外，尚有分子熱力學理論和二次排斥理論等。由于應用立體排斥理論解釋凝膠滲透色譜中的各種分離現象與事實比較一致，因此立體排斥理論已為人們普遍采用。即：它的分離基礎主要依據溶液中分子體積(流體力學體積)的大小來進行分離。
凝膠滲透色譜的分離過程是在裝有多孔物質為填料的色譜柱中進行的，一個填料的顆料含有許多不同尺寸的小孔(這些小孔具有一定的分布)，這些小孔對于溶劑分子來說是很大的，它們可以自由地擴散出入。由于高聚物在溶液中以無規線團的形式存在，且高分子線團也具有一定的尺寸，當填料上的孔洞尺寸與高分子線團的尺寸相當時，高分子線團就向孔洞內部擴散。顯然，尺寸大的高聚物分子，由于只能擴散到尺寸大的孔洞中，在色譜柱中保留的時間就短；而尺寸小的高聚物分子，幾乎能夠擴散到填料的所有的孔洞中，向孔內擴散的較深，在色譜柱中保留的時間就長。因此，不同分子量的高聚物分子就按分子量從大到小的次序隨著淋洗液的流出而得到分離。
LC-15型凝膠滲透色譜儀采用模塊化設計，體積小巧，操作方便，可廣泛用于凈化食品、糧油谷物、環境、中藥、生物組織等各類復雜樣品。
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