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            Beijing Kilby Gravity微重力環境下免疫功能障礙的單細胞解析

            來源:北京基爾比生物科技有限公司   2025年06月16日 22:17  


            一、研究背景與科學問題

            在太空探索中,微重力環境對宇航員免疫系統的影響一直是航天醫學的核心挑戰。既往研究表明,低地球軌道(LEO)飛行會導致 T 細胞功能受損、潛伏病毒再激活(如 EB 病毒、巨細胞病毒)以及先天免疫失衡,但具體分子機制仍不明確。

            機械力作為免疫細胞功能的關鍵調控因素,其在微重力下的信號轉導異常可能是免疫失調的核心環節。本文利用 NASA 模擬器模擬微重力環境,結合單細胞轉錄組分析、空間飛行數據驗證及機器學習算法,系統解析了微重力對人類外周血單個核細胞(PBMCs)的影響,并篩選出潛在的免疫調節化合物。

            二、研究方法與技術路線

            模擬微重力模型:使用微重力系統對 PBMCs 進行 25 小時模擬微重力(uG)處理,對照組為 1G 靜態培養,部分樣本用 TLR7/8 激動劑 R848 刺激以模擬病毒感染。

            單細胞測序與分析:通過 10X Genomics 平臺構建 55,648 個細胞的單細胞圖譜,鑒定細胞類型聚類及差異表達基因(DEGs),結合軌跡分析揭示細胞狀態轉變。

            多維度驗證: bulk RNA-seq 驗證:對 6 名年輕 donors 的 PBMCs 進行模擬微重力處理,驗證單細胞結果的基因表達趨勢。

            空間飛行數據比對:整合 ISS 小鼠脾臟數據(GLDS-420)、Inspiration-4(I4)載人飛行單細胞數據、JAXA 細胞游離表觀基因組數據及 NASA 雙胞胎研究數據。

            超分辨率顯微成像:利用 Airyscan 技術觀察微重力對肌動蛋白骨架和線粒體形態的影響。

            機器學習與藥物篩選:基于 Gene Compound Enrichment Analysis(GCEA)算法,從 200 萬 + 基因 - 化合物互作網絡中篩選靶向微重力免疫特征的化合物,并驗證槲皮素的逆轉效應。

            三、核心研究結果

            (一)模擬微重力對免疫細胞轉錄圖譜的重塑

            細胞類型比例與基因表達變化: 未刺激狀態下,uG 導致 CD14 + 單核細胞和 CD4 + 效應記憶 T 細胞(TEM)比例增加,B 中間細胞和黏膜相關恒定 T 細胞(MAIT)減少。 全細胞分析顯示 4500 + 基因差異表達,核心 DEGs(375 個)包括急性反應基因(S100A8/A9)、熱休克蛋白(HSP90AB1)、趨化因子(CCL2/4)及干擾素通路基因(STAT1、GBP1)下調。

            通路富集分析:

            激活通路:急性相反應、纖維化信號、RAC/HIF1α 信號、sirtuin 信號。

            抑制通路:氧化磷酸化、干擾素信號(PKR 通路)、核受體(LXR/RXR、PPAR)、焦亡信號。 單核細胞、常規樹突狀細胞 2 型(cDC2)、雙陰性 T 細胞和 NK 細胞的通路變化最為顯著。

            (二)微重力誘導的免疫衰老與病毒激活特征

            炎癥衰老(inflammaging)模擬:uG 處理顯著升高炎癥年齡(iAge)時鐘評分和衰老相關分泌表型(SenMayo)得分,提示微重力可誘導免疫細胞的衰老樣炎癥狀態。

            潛伏病原體轉錄激活:元轉錄組分析顯示,25 小時 uG 暴露可誘導人類免疫細胞中分枝桿菌和逆轉錄病毒(如 γ- 逆轉錄病毒)的轉錄激活,直接關聯微重力與潛伏病毒再激活。

            (三)TLR 刺激下的微重力免疫應答異常

            細胞應答偏向性:uG+R848 刺激導致 CD4 + 中央記憶 T 細胞(TCM)擴增,但抑制 NK 細胞和 CD8+ TEM 細胞的激活,單核細胞對刺激的敏感性顯著增強。

            基因表達特征: 誘導基因:CCL8、IL1B、IDO1(色氨酸分解)、SOD2(線粒體抗氧化)。

            抑制基因:GBP1-5、IRF1、PRF1(穿孔素)、CD69(激活 marker)。

            通路特異性抑制:uG 顯著削弱 JAK/STAT、焦亡、細胞毒性 T 細胞殺傷通路,同時增強 sirtuin 和 Rho GTPase 信號。

            (四)從模擬到實際空間飛行的機制保守性

            跨物種與飛行任務驗證:小鼠脾臟數據(GLDS-420)顯示 13.3% 的核心 DEGs 重疊,包括 ATG7(自噬)、HSP90AA1 和 STAT1 下調。 I4 任務單細胞數據中,56% 的 uG DEGs 在飛行后(R+1)顯著改變,涉及冠狀病毒致病通路、IL-6 信號和缺氧代謝。 雙胞胎研究中,太空飛行導致 CD4+ T 細胞 NOTCH3 甲基化升高、GBP5 下調,與模擬微重力結果一致。

            細胞骨架與線粒體動態異常: 超分辨率成像顯示 uG 增加肌動蛋白突起長度、降低細胞球形度,并改變 TLR 刺激下的肌動蛋白顆粒度光譜。 G-LISA 檢測發現 uG 激活 Cdc42 GTPase,提示 Rho 家族信號異常是細胞骨架重塑的關鍵。

            (五)槲皮素對微重力免疫損傷的逆轉效應

            轉錄水平逆轉:50μM 槲皮素處理可逆轉 70% 的核心 DEGs(如 S100A8、CCL2 下調,GBP1 上調),GSEA 顯示其顯著反轉急性相反應和干擾素通路的異常。

            通路靶向性:槲皮素抑制 Rho GTPase 信號、纖維化通路和 IL-6 信號,同時恢復核受體(LXR/RXR)和 NUR77 T 細胞激活通路。

            功能改善:降低衰老相關基因表達(iAge 和 SenMayo 評分)、減少活性氧(ROS)生成,并部分恢復 IFN-γ 和 IL-1β 的分泌平衡。

            四、討論與機制闡釋

            (一)微重力免疫失調的核心通路網絡

            細胞骨架 - 干擾素軸異常:微重力通過激活 Cdc42 重塑肌動蛋白骨架,干擾 TLR 誘導的 IFN 信號傳導。例如,PKR 抗病毒通路依賴肌動蛋白解聚以激活 RIG-I 樣受體,而 uG 下的細胞骨架僵化可能阻斷這一過程,導致 GBP1 等抗病毒基因下調。

            代謝 - 炎癥耦合失衡:氧化磷酸化抑制與 HIF1α 激活驅動糖酵解偏向,為單核細胞的促炎表型(如 IL-6、IL-1β 分泌)提供能量基礎,同時削弱 T 細胞的效應功能。

            表觀遺傳與蛋白穩態異常:sirtuin 信號激活可能作為細胞應激的代償機制,但伴隨的熱休克蛋白(BAG2)信號增強也提示蛋白折疊壓力增加,這與太空飛行中觀察到的線粒體功能障礙一致。

            (二)太空免疫醫學的轉化意義

            潛伏病毒再激活機制:微重力下調 GBP1 等干擾素誘導基因,削弱巨噬細胞對分枝桿菌的清除能力,同時激活逆轉錄病毒轉錄,為宇航員皰疹病毒再激活提供分子解釋。

            免疫監測標志物:RBM3(冷休克蛋白)作為跨數據集一致下調的基因,可能成為微重力暴露的潛在血液標志物。

            對策開發前景:槲皮素作為天然黃酮醇,其多靶點作用(抗氧化、調節 Rho GTPase、激活核受體)使其成為理想的太空免疫保護劑,且已通過安全性驗證。

            (三)研究局限性與未來方向

            性別與個體差異:本研究發現男性 NK 細胞和單核細胞對微重力更敏感,而女性 B 細胞反應性更強,提示未來研究需納入更多性別分層分析。

            多組學整合需求:結合 ATAC-seq 解析染色質可及性變化,或代謝組學追蹤微重力下的免疫代謝重編程,將深化對機制的理解。

            五、結論與展望

            Nature Communications | (2024) 15:4795 本研究通過單細胞分辨率揭示了微重力免疫失調的保守特征,包括先天免疫激活 - 適應性免疫抑制的雙相模式、細胞骨架 - 干擾素軸功能障礙及代謝重編程。

            這些發現不僅為 “太空免疫學” 提供了理論框架,還通過槲皮素等天然化合物的驗證,開辟了航天免疫保護的新途徑。未來研究需在深空飛行模型中進一步驗證這些機制,并開發基于多組學的個性化免疫監測方案,為載人火星任務奠定基礎。

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            Kilby Gravity 微/超重力三維細胞培養系統,

            3D回轉重力環境模擬系統,隨機定位儀,

            類器官芯片搖擺灌注儀,

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