de novo蛋白質(zhì)測(cè)序: 基本概念與應(yīng)用

de novo蛋白質(zhì)測(cè)序: 基本概念與應(yīng)用檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

蛋白質(zhì)de novo測(cè)序（從頭測(cè)序）是指不依賴已知的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)，直接確定蛋白質(zhì)的氨基酸序列。與其他一些分析方法依賴于已知的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)或已知的質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫(kù)不同，。該方法開(kāi)發(fā)的軟件包括PepNovo、PEAKS和pNovo。從頭測(cè)序利用串聯(lián)質(zhì)譜根據(jù)肽的碎片特征進(jìn)行直接分析。因此，蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中未包含的肽序列、新物種的蛋白質(zhì)序列以及基因組尚未測(cè)序的蛋白質(zhì)序列都可以被分析

圖 1. 通過(guò)質(zhì)譜法進(jìn)行肽從頭測(cè)序的過(guò)程

從頭測(cè)序的基本原理

在質(zhì)譜分析中，待分析物質(zhì)的顆粒在通過(guò)電磁場(chǎng)之前首先被電離。由于。在使用串聯(lián)質(zhì)譜進(jìn)行肽鑒定的過(guò)程中，肽從頭測(cè)序可以直接從二級(jí)圖譜中推斷出zuì可能的肽序列。找到特定的斷裂模式后，可以根據(jù)質(zhì)譜峰與氨基酸翻譯后修飾之間的質(zhì)量差計(jì)算出相應(yīng)的氨基酸信息。不同質(zhì)荷比的離子在電磁場(chǎng)中受到的力不同，其運(yùn)動(dòng)軌跡和飛行時(shí)間等能夠分離和檢測(cè)離子的特征也不同

從頭測(cè)序應(yīng)用

• 生物樣品中未知肽序列的分析和檢測(cè)、

• 末端殘基缺失的肽的檢測(cè)、

• 賴氨酸和liàngānsuān的鑒定

• N端封閉和環(huán)狀蛋白質(zhì)的鑒定

• 準(zhǔn)確測(cè)定未知蛋白質(zhì)或肽的序列信息以方便分析

• 未知蛋白的功能研究

• 商業(yè)修飾蛋白和酶序列的準(zhǔn)確測(cè)定

• 穩(wěn)定細(xì)胞系中表達(dá)的蛋白序列的準(zhǔn)確測(cè)定

• 抗體一級(jí)結(jié)構(gòu)序列的單克隆分析等

de novo蛋白質(zhì)測(cè)序比依賴數(shù)據(jù)庫(kù)的測(cè)序方法更為復(fù)雜和挑戰(zhàn)性。短的多肽片段相對(duì)容易測(cè)序，但隨著片段長(zhǎng)度的增加，可能的氨基酸組合呈指數(shù)增長(zhǎng)，從而增加了解析的復(fù)雜性。

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