通過肽質量指紋圖譜識別蛋白需要將蛋白酶解后，使用質譜來分析酶解產物，然后檢索數據庫來確認得到的序列片段。然而，通過檢索數據庫來確定N-和C-末端序列卻并不容易。原因在于：1）處理和翻譯后修飾經常導致蛋白質N-和C-末端結構發生變化；2）離子抑制效應的存在導致部分蛋白序列不可測定。蛋白N-末端氨基酸序列可以使用蛋白測序儀（PPSQ-31A/33A）或者蛋白N-末端測序組件(ORFinder-NBTM)來檢測。然而，對C-末端結構來說，檢測技術的需求使得蛋白末端氨基酸序列分析變得比以往更為重要。

本文以包含有特征C-末端蛋白的樣品為例，介紹一種全新的、以質譜分析氨基酸序列的成功例子。使用LysC酶解蛋白樣品，以TMPP-Ac-OSu對酶解產物進行衍生化修飾，并用DITC樹脂進行分離后，以島津AXIMA Performance檢測確定了蛋白C-末端氨基酸序列。

島津AXIMA Performance

AXIMA PerformanceTM作為島津功能全面的科學研究級MALDI-TOF-TOF儀器，性價比高，是大學，科研單位用戶的機型。可以全面的開展高通量蛋白質組學研究，包括多肽，蛋白分子量測定，蛋白鑒定，多肽序列分析，翻譯后修飾研究，如磷酸化，糖基化研究等。高通量自動化蛋白鑒定，高分辨雙離子門，高能CID技術進行MS/MS，新型曲線場反射器等技術是該儀器成為蛋白質組學研究的有利工具。LMZ(low mass zoom)功能是該儀器的一個優勢，可以對低質量端的譜圖優化，得到的低質量端數據，如亞氨離子的信號得到增強，幫助MS/MS譜圖的準確解析。

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