離心噴霧干燥機采用高速離心霧化的形式，將蛋白肽提取液霧化成極細的霧滴，在與熱風充分接觸后被干燥成細小的粉狀產品。壓力噴霧干燥機則不同，采用高壓泵經噴嘴將蛋白肽提取液高壓噴出，同樣與熱風充分接觸后被干燥成粉，其粉多為中空型，產品較為蓬松，堆密度比離心噴霧干燥機產品小。

      蛋白肽生產商對最終產品的顆粒度有不同的要求，可以結合兩種噴霧干燥機產品的不同來進行設備選型。

      另外，同樣產能的兩種蛋白肽噴霧干燥機有著不同的設備安裝尺寸，對此需方需根據自己廠房特點考慮周全。離心噴霧干燥機直徑較大，而壓力噴霧干燥機高度較高。