殺菌鍋在殺菌過程中上鍋是不加熱的不運行的，在殺菌時長到設定的溫度之后下鍋的熱水開始回收到上罐再等待下一鍋殺菌的時候進行循環(huán)使用。

在殺菌過程中，應注意初排氣，進而泄汽，使蒸汽流通。亦可每隔15-20分鐘放氣一次，促進熱交換。總之必須滿足殺菌條件的規(guī)定，按程序進行，殺菌溫度的高低，殺菌壓力的大小，殺菌時間的長短和操作方法等均由產品殺菌工藝作出具體規(guī)定。

通過計算該溫度下鍋內所需壓力，自動控制進出閥門的開關，使鍋內壓力在整個殺菌過程中與高溫殺菌鍋溫度有一定的關系。高溫殺菌鍋在加熱保溫狀態(tài)時，蒸汽閥和疏水閥自動打開，冷卻水閥自動關閉；在冷卻狀態(tài)下，蒸汽閥和疏水閥自動關閉，冷卻水進出口閥自動打開。