巴氏殺菌機的應用有很多，最常見的便是進行牛奶的殺菌了。

  要為牛奶的一種滅菌法，既可殺死對健康有害的病原菌又可使乳質盡量少發生變化。也就是根據對耐高溫性的結核菌熱致死曲線和乳質中最易受熱影響的奶油分離性熱破壞曲線的差異原理，在低溫下長時間或高溫下短時間進行加熱處理的一種方法。其中，在60℃以下加熱30分鐘的方式，作為低溫滅菌的標準，早為世界廣泛采用。利用高溫處理，雖對乳質多少有些影響，但可增強滅菌效果，這種方法稱為高溫滅菌（sterilization），也就是在95℃以上加熱20分鐘。巴氏滅菌法除牛奶之外，也可應用于發酵產品。

   通常，市場上出售的袋裝牛奶就是采用巴氏滅菌法生產的。工廠采來鮮牛奶，先進行低溫處理，然后用巴氏消毒法進行滅菌。用這種方法生產的袋裝牛奶通常可以保存較長時間。當然，具體的處理過程和工藝要復雜的多，不過總體原則就是這樣。

   需要指出的是，喝新鮮牛奶（指剛剛擠出的牛奶）反而是不安全的，因為它可能包含對我們身體有害的細菌。另一點是，巴氏消毒法也不是萬能的，經過巴氏消毒法處理的牛奶仍然要儲存在較低的溫度下（一般<4℃），否則還是有變質的可能性。因此市場上很多出售袋裝牛奶的方法是很不規范的。

   巴氏消毒牛奶是世界上消耗最多的牛奶品種，英國、澳大利亞、美國、加拿大等國家巴氏消毒奶的消耗量都占液態奶80%以上，品種有全脫脂、半脫脂或全脂的。在美國市場上，實際幾乎全是巴氏消毒奶，而且是大包裝（1升、2升、1加侖）的，市民上超市一次就買夠一個星期喝的鮮奶。市場很少有滅菌純牛奶賣，有的小城鎮根本買不到。

   巴氏消毒純鮮奶較好地保存了牛奶的營養與天然風味，在所有牛奶品種中是一種。其實，只要巴氏消毒奶在4℃左右的溫度下保存，細菌的繁殖就非常慢，牛奶的營養和風味就可在幾天內保持不變。

   市場上巴氏殺菌機主要做商業用途，同時巴氏殺菌也是國際上的通用殺菌標準，在很多大型企業都在使用，市場上的純牛奶其他口味的酸奶都是經過巴氏殺菌。隨時綠色健康食品的發展，殺菌機在很多小型的奶牛場都是有使用的，小型奶牛場使用的都很是100升或者是200升的，主要是制作新鮮純牛奶，向市場上配送，殺菌機配備有冷水循環系統，通常的制冷方式有兩種，一種是：壓縮機制冷，這種制冷的方式速度快，效果好，還一種制冷方式是冷水循環制冷，主要是采用物理的降溫方式，將對來講成本要低很多。