1.培養基污染：若污染菌類是零星分散在培養基中，則可確定是人為引起的污染。比如培養基滅菌不chedi，開瓶時間過長，滅菌后存放時間過長等； 高溫蒸汽滅菌器的溫度、壓力、時間沒有正確設置；過濾滅菌過程中濾膜孔徑選擇、過濾滅菌器的滅菌處理、過濾滅菌操作等均會影響培養基的滅菌效果。措施：嚴格按照實驗要求，滅菌規程操作。
3.操作環節污染：接種室是否清潔、干燥、密封，是否經常用紫外燈照射、甲醛熏蒸、70% 的酒精噴霧殺菌等；超凈工作臺擺放物品雜亂，長時間不換濾網，導致凈化能力降低；接種用具滅菌不chedi引起污染；操作不正確等。
二、出現污染后處理措施：
2.用抗生素等殺菌藥劑的處理。但至今還未發現哪種抗生素能夠對各種菌都有效，并且常常也會影響植物材料的正常生長分化。另一些藥劑，雖有的殺菌效果好，但往往容易引起鹽害，也無法利用。
