免疫印跡(Western blot, WB)是分子生物學中檢測復雜生物提取物中特定蛋白質存在的常用方法之一。WB必須控制上樣量以確保目標蛋白變化具有可比性,通常選擇在所有組織中普遍分布的具有相對恒定量的蛋白質作為內參(Loading control)。
為何要選用內參
在Western Blotting中使用內參就是在試驗中另外用內參對應的抗體檢測內參蛋白。內參就是內部參照,一般是指管家基因編碼表達的蛋白,它們在各個組織和細胞中的表達相對恒定,在檢測蛋白的表達水平變化時常用它來做參照。
如何選擇內參抗體
1.樣本種屬來源
選擇內參首先要考慮的就是實驗樣本來源于什么物種。哺乳動物的組織或者細胞樣本,通常選擇β-actin、β-tubulin、GAPDH、Lamin B、Na+/K+-ATPase, Histone H3 等。植物來源實驗樣本,則可以選擇Plant actin、Rubisco等。其他來源樣本研究較少,所以就應該參照文獻報導,選擇合適的蛋白作為內參。
2.目的蛋白分子量
選擇內參抗體時,應該考慮目的蛋白分子量的大小。通常應該保證目的蛋白與內參蛋白分子量相差5KD以上。比如檢測目的蛋白分子量為45KD,此時不適宜選擇β-actin(42KD)作為內參,可以考慮選擇GAPDH(36KD)作為內參。
3.目的蛋白表達部位
就一般的蛋白檢測來說,β-actin、β-Tubulin抗體等就可以了,而針對于核蛋白的定量,特別是樣本蛋白就是核蛋白時,選擇恰當的核蛋白內參則更能體現內部參照的價值。常用的核內參抗體有Lamin A、Lamin B、Histone H3,除此之外,其它常見的核蛋白內參還有PCNA、K70、K80等,在一些文獻報道中,Erk2、TATA binding protein(TBP)以及c-Jun、c-Fos等都有使用。而對于膜蛋白檢測,常用的內參抗體為Na,K ATPase。對于線粒體蛋白的檢測,常用VDAC1和COX IV作為內參抗體。內參的選擇需要考慮實際的試驗環境,比如某些細胞中,由于組織缺氧、糖尿病等因素會導致GAPDH的表達增高,不適合做內參。比如在在凋亡實驗時,Lamin等也不適合作為內參。因此設計實驗方案的時候應該考慮這些因素并查詢相應文獻,在實驗過程中也應該注意如果內參表達出現異常,應考慮這方面因素。
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